Au cours de la période 1970-1971, la localité comptait 42 unités scolaires, dont 25 publiques, 15 appartenant à l’Église et 2 privées. De plus, il existait une ikastola. Le nombre total d’élèves s’élevait à 910 filles et 812 garçons.
Au début du XIXᵉ siècle, la localité possédait une école élémentaire pour garçons, dotée de 4 400 reales par an, et une école pour filles avec 1 500 reales. Environ 100 garçons fréquentaient la première. Le maître résidait dans la maison adjacente au palais royal, située sur la place d’armes. À la moitié du XIXᵉ siècle, une deuxième école pour filles fut établie dans le quartier de la Marina, bien qu’elle n’ait reçu aucun financement.
Au début du XXᵉ siècle, Serapio Múgica décrit la situation éducative : « Dans le centre-ville, il y a une école complète mixte, dans un bon bâtiment construit aux frais du philanthrope guipuzcoan Pedro de Viteri ; dans le quartier de la Marina, il y a une école maternelle dirigée par une institutrice, et une autre école mixte également dirigée par une institutrice, dans le quartier de Jaizubía. À Gurutze et Gaintxurizketa, fonctionnent deux autres écoles mixtes privées ».
En plus de ces écoles, trois ordres religieux —les PP. Capucins, les Betharramistes et les Sacrés-Cœurs— instruisaient de nombreux élèves et préparaient les jeunes à l’accomplissement de leur mission religieuse. Il existait également quatre collèges dirigés par des religieuses : celui des Filles de la Croix, celui des Servantes de Marie, celui des Ursulines de Pau —qui occupaient depuis des années le magnifique bâtiment de l’ancien Hôtel Miramar— et celui des Dames de Saint Maur. Toutes ces communautés, à l’exception des PP. Capucins, étaient françaises et s’étaient installées à Fontarrabie à la suite de l’expulsion décrétée en France par Waldeck-Rousseau en juillet 1901.
Enfin, la localité disposait de la colonie scolaire « Blanca de Navarra », inaugurée en 1934, qui accueillait en été six sessions de 250 enfants.