Dans le cas de Hondarribia, comme dans le reste de Gipuzkoa, une série de processus répressifs sont mis en place, se prolongeant plusieurs années après la fin du conflit armé. Lorsqu’on analyse la répression franquiste, la première référence incontournable est la répression exercée par les autorités militaires. Dès le 28 juillet 1936, sur le territoire contrôlé par les insurgés, l’État de guerre est décrété, ce qui place sous juridiction militaire une grande partie des affaires qui relèveraient normalement de la justice civile. Le Code de Justice Militaire stipule que les procédures doivent suivre la voie sommaire, réduisant à cinq jours le délai d’instruction des causes contre les accusés, ce qui constitue une importante réduction des garanties procédurales.
Malgré la sévérité de la répression militaire, celle-ci semble avoir peu affecté Hondarribia. Des sources peu fiables avancent le chiffre de huit fusillés parmi les habitants, mais il se trouve que tous les décès ont eu lieu pendant les jours de l’occupation de la ville, ce qui laisse penser à des exécutions extrajudiciaires ou à l’inclusion de miliciens fusillés dans le fort de Guadalupe. D’autres sources plus fiables ne rapportent aucun cas de fusillé parmi les habitants, ce qui n’exclut pas que certains aient été exécutés ailleurs. De même, un seul habitant de Hondarribia a été soumis à un Conseil de Guerre : Arturo Hernández San Martín, médecin du fort de Guadalupe, acquitté par la juridiction militaire mais sanctionné de 1 000 pesetas par le Juzgado de Instrucción de Responsabilidades Políticas (Beperet, 2001, 143).
Le 13 septembre 1936, coïncidant avec l’occupation de Donostia-San Sebastián, première capitale provinciale prise par les insurgés, la Junta de Defensa Nacional décrète la saisie de tous les biens de personnes et partis opposés au soulèvement. Pour appliquer ce décret, la Commission Provinciale de Saisie des Biens de Gipuzkoa (C.P.I.B.) est créée suite au décret du 9 janvier 1937, qui instaure la Commission Centrale de Saisie des Biens, nommée par le président de la Junta Técnica par un ordre rendu public le 20 janvier 1937. Le 26 janvier, la C.P.I.B. est constituée de Juan Cobián Fredo – magistrat – et Wenceslao de Archaud – avocat de l’État – sous la présidence du gouverneur civil José María Arellano.
Cette commission a ouvert son premier siège le 6 août 1937, bien que son activité ait commencé auparavant. Dès août 1937, environ 1 000 dossiers étaient ouverts contre « les personnes considérées responsables d’actes iles au Glorieux Mouvement National », estimant que les sanctions pourraient rapporter environ 400 millions de pesetas. À Hondarribia, au moins dix habitants ont vu leurs biens saisis et administrés par le secrétaire municipal, rapportant 5 547,79 pesetas pendant la période de validité de la C.P.I.B., chiffre inférieur à celui d’Irun (14 325,60 pesetas) mais significatif pour la fin des années 1930.
En février 1939, la Loi sur les Responsabilités Politiques est promulguée, visant à « liquider les fautes de ceux ayant contribué, par actes ou omissions graves, à la subversion rouge ». Le Tribunal Régional des Responsabilités Politiques de Navarre, opérant à Gipuzkoa via le Juzgado de Instrucción de Responsabilidades Políticas à Donostia-San Sebastián, a instruit 1 116 dossiers dans les deux premières années. Entre 1939 et 1945, 32 habitants sont poursuivis, dont 15 condamnés avec amendes de 75 à 15 000 pesetas. Les plus lourdes sanctions concernent Juan Garmendia Idiazabal, conseiller municipal évacué en septembre 1936, exilé à 150 km et condamné à 15 000 pesetas en juillet 1940. D’autres membres du conseil municipal, dont Francisco Sagarzazu Sagarzazu, Juan José Petit Ory, Segundo Martínez Olano et Ángel Urrutia Zunzunegui, sont également poursuivis, mais seul Urrutia, conseiller nationaliste revenu de France en 1937, est sanctionné de 2 000 pesetas.
Le nombre de personnes poursuivies en exil est notable, conséquence de l’exode de septembre 1936. Quatorze exilés (quatre morts, sept revenus, trois restés en France). Ceux revenus ont été condamnés pour certains, et un a été envoyé au pénal d’El Dueso. Les sanctions imposées par la L.R.P. aux habitants de Hondarribia dépassent 75 000 euros. Par idéologie, les républicains représentent la majorité des poursuivis (12), suivis des nationalistes (7), mais la loi est plus sévère envers ces derniers, tous condamnés et représentant 73 % du total des sanctions.
La répression s’étend à tous les aspects de la vie. Le 16 décembre 1936, la municipalité, suivant les instructions du gouverneur civil, destitue 17 fonctionnaires absents depuis l’évacuation. L’enseignement est également purgé : 12 maîtres instruits, dont 4 sanctionnés, 3 définitivement exclus. Ambrosio Saseta Lázaro est notable : accusé de nationalisme basque malgré sa conduite morale et religieuse exemplaire. Il revient de France en juillet 1940. Les autres maîtres sont sanctionnés pour avoir quitté la ville, avec des périodes d’exclusion allant jusqu’en 1946.
Durant la Seconde Guerre mondiale, la proximité de la frontière française rend Hondarribia sensible aux actions des maquis espagnols. En novembre 1944, 40 maquisards débarquent à Hondarribia pour se diriger vers Bizkaia et Santander. Malgré leur avancée vers Bilbao, Eibar et Donostia-San Sebastián, la plupart sont arrêtés et jugés en conseil de guerre, cinq condamnés à mort, dont Pedro Barroso exécuté à Vitoria-Gasteiz en 1945. Plusieurs restent emprisonnés jusqu’au début des années 1960. En juin 1945, plusieurs pêcheurs de Hondarribia sont arrêtés, liés à des militants du Parti communiste espagnol (P.C.E.).