Encore une fois port navarrais, 1805-1814.
Le 16 septembre 1805, la Diputación de Navarre sollicitait du roi l’annexion à la Navarre d’Irun et de Fuenterrabía, ce qui démontrait l’importance capitale pour la Navarre de posséder un port maritime. Le roi y consentit par ordre royal du 26 septembre de la même année. Le 10 octobre, le commissaire de Navarre, Miguel Escudero, prit possession de Hondarribia. La Diputación de Guipuscoa adressa diverses représentations au monarque, protestant contre l’annexion, mais elles ne furent pas entendues par le roi, qui confirma l’ordre du 26 septembre (doc. dans CCPV, t. III, fol. 494). Cependant, Guipuscoa continua de tenter de récupérer les territoires perdus et, finalement, le 18 août 1814, le vice-roi de Navarre, le comte d’Ezpeleta, informa la Diputación navarra de la décision royale de restituer les territoires à Guipuscoa, ce qui eut lieu peu après.
Sous contrôle français, 1808-1813.
La place fut occupée au nom de José I en 1808. Le 11 mars 1813, le sergent 1er D. Fermín Leguía, accompagné de quinze guérilleros, prit le château de Fuenterrabía, surprenant sa garnison française pendant la nuit. Il emporta les armes et munitions qu’il put, rendit le reste inutilisable, et incendia le bastion, qui fut détruit aux trois quarts. Après la bataille de San Marcial, les Français abandonnèrent la place.
Guerres carlistes.
Les carlistes occupèrent la ville sans difficulté, permettant aux éléments marqués par le libéralisme de fuir vers Saint-Sébastien, Hendaye ou d’autres lieux sûrs, parmi eux le maire J. M. Benigno Iriarte. Avec l’arrivée de la British Legion, la situation rebelle se compliqua dans la région. Le 18 mai 1837, la garnison carliste de Fuenterrabía capitula face aux attaques de Schelly, combinées avec celles de la ligne d’Hernani préparées par Espartero, tandis que l’essentiel de l’armée carliste se trouvait dans l’expédition royale. Pendant la deuxième guerre carliste, la ville ne fut pas un objectif d’intérêt particulier pour les carlistes, dont les troupes assiégèrent Irún et dominèrent Jaizkibel. À la fin de cette guerre et avec l’abolition du système foral, son importance commerciale déclina.