Il est attesté que Henri IV visita la ville à la fin avril 1463 en raison de différends avec le roi d’Aragon, logeant dans la maison noble de Venesa. Selon Esteban de Garibay, les princes Philippe et Jeanne, à leur arrivée en Espagne, entrèrent dans la même ville le 29 janvier 1502. En 1506, Germana de Foix, jeune épouse du vieux Ferdinand d’Aragon, y fit une halte. En 1521, le passage de Saint Jean de Dieu conduisit à l’érection d’un groupe sculptural à sa mémoire.
François Ier de France séjourna de force en 1526 avant d’être échangé. Son captor, Charles Quint, s’installait dans la même maison le soir du 27 novembre 1539 lors de son transit vers les Flandres. Il inspecta la ville, ses fortifications, ses tours et ses murs, et à la demande du duc d’Orléans, pardonna à un certain Berroto, condamné à mort. Le jour suivant, il poursuivit son voyage par mer et débarqua à Biarritz.
Philippe III arriva également dans cette ville le 7 novembre 1615 avec sa fille Anne pour la remise de celle-ci, et y resta toute la journée suivante. La princesse Isabelle de Bourbon, fiancée au prince des Asturies, arriva le 9 du même mois, s’y arrêtant toute la journée.
Philippe IV séjourna dans le palais de la ville le 2 juin 1660 pour la remise de l’infante Marie-Thérèse d’Autriche, qui fut mariée au roi de France par son représentant dans l’église principale. Philippe V visita également cette ville l’après-midi du 23 janvier 1701, venant d’Irun, mais ne descendit que devant les portes de l’église pour prier, avant de retourner à Irún.
L’empereur d’Allemagne Joseph II se rendit à Fuenterrabía le 26 juin 1777 afin d’inspecter les brèches ouvertes par les Français lors du siège de 1719. Enfin, Napoléon, empereur des Français, avec l’impératrice, visita la ville le 17 septembre 1858, et le roi des Belges le 19 septembre 1859.