Malgré le transfert d’une couronne à l’autre, des liens économiques séculaires maintiennent Hondarribia dans une position cordiale vis-à-vis du royaume de Navarre, notamment en ce qui concerne les relations commerciales que la ville s’efforçait de maintenir ouvertes, au-delà du conflit frontalier quasi endémique entre les deux couronnes. Ainsi, profitant des trêves établies entre Castille et Navarre, le conseil de Hondarribia signa en 1245 un accord avec le roi Thibaut Ier par lequel il s’engageait à protéger les Navarrais et leurs biens :
« Nous, le prévôt, les jurés et tout le conseil de Fuenterrabía : faisons savoir à tous ceux qui verront ces lettres, que nous avons, de bonne foi, reçu en notre commanderie et en notre défense, pour le temps que durera la trêve des rois, les hommes et les femmes et tous les biens du royaume de Navarre, autant que notre pouvoir s’étend, eux payant dans notre ville les coutumes qu’ils doivent y payer. Nous ne devons recevoir dans notre ville, ni sous sa juridiction, aucun malfaiteur ni vol qu’ils y commettent, si ce n’est par ordre de notre seigneur le roi de Castille, ou de celui qui tiendra la ville pour honneur. »
La cathédrale de Pampelune possédait encore un certain nombre de bustalizas près de Hondarribia entre les XIIIᵉ et XVᵉ siècles. De même, l’église de San Miguel in Excelsis en possédait selon des documents datés de 1371 et 1374.