La separación de Guipúzcoa, 1638-1653. Durante 15 años, Hondarribia dejó de asistir a las Juntas Generales de Guipúzcoa y trató de gestionar su reunión a Navarra. Gorosabel relata así este incidente que pone de relieve la recurrente navarreidad de la plaza: "Apenas hubo alcanzado esta en el año de 1638 el título de ciudad, dejó de concurrir á las Juntas generales y particulares de la provincia con pretextos diferentes; pero la verdadera causa de su desvío era otra, la cual no tardó en descubrirse. Tenía en efecto la pretensión de que sus procuradores hubiesen de ocupar en las Juntas el primer asiento, votando tambien los primeros; y que en las convocatorias se antepusiese el nombre de ciudad al de villas. Quería en una palabra sobreponerse en el uso de prerrogativas á todos los demás pueblos, perjudicando en su antigua posesión y costumbre á los que estaban mas adelantados por su mayor importancia, y por consiguiente mas recargados en el encabezamiento fogueral. Como la provincia no dio lugar a tan irregulares exigencias, Fuenterrabía prefirió dejar de asistir á las Juntas á tener en ellas el asiento anterior; asiento que en su envanecimiento le parecia ya inferior á su nueva categoría. La defensa de la plaza de Fuenterrabia se hizo, no por solos sus vecinos, sino en union de la tropa y los tercios de otros pueblos, que entraron en ella por mandado de la provincia, como lo demuestra la historia de su asedio. Si pues era justo que para perpetuar la heróica resistencia de esta plaza en la mencionada ocasion se le diese el titulo honorífico de muy valerosa ciudad: si lo era tambien que se premiase á sus hijos que se hubiesen distinguido en ella: no lo era seguramente el que quedasen oscurecidas las glorias de los demás guipuzcoanos. Ni era regular quedasen estos postergados en sus honores, despues de haber derramado su sangre, y hecho por la salvacion de este pueblo tantos sacrificios, que parece se desconocian despues. Así lo comprendió la provincia, manifestando el sentimiento que le causó semejante comportamiento; á lo que se agregó la noticia de que Fuenterrabia andaba gestionando por su incorporacion al Reino de Navarra, separándose de Guipuzcoa". Por un informe presentado a las Cortes de Navarra en octubre de 1795 publicado por Idoate en "R. de la H. N." (II) sabemos en qué consistieron dichas gestiones: "Puerto propio que fomente el comercio interior y exterior de Navarra, ha sido de los intereses de primera consideración de sus Cortes generales en este y el pasado siglo.En las celebradas el año 1644, se confirió entre nuestro nacional Congreso y el cabildo secular de Fuenterrabía, población del rey D. Sancho, sobre restablecerse el absoluto, recíproco y libre comercio entre Navarra y aquella ciudad, que lo hubo de inmemorial hasta que se dificultó en el año de 1521, con la sangrienta guerra entre Carlos V y Francisco I de Francia, en que se apoderaron los franceses de Fuenterrabía y del castillo y ciudad de Pamplona, distrayendo éstos el tráfico de Fuenterrabía y abrigándolo a Bayona, San Juan de Luz y Ciburu. En aquellas conferencias se presentan las ventajas y desconveniencias en restaurarse aquel comercio y resalta la oficiosi- dad de Fuenterrabía en su anhelo por el mutuo comercio con Navarra y porque se hiciese a ese fin navegable el río Bidasoa. Y aparece una precaución acertada en aquellas Cortes; ya se había acordado en las de 1642 que se diesen cartas de favor a la villa de Rentería para la pretensión que tenía del puerto, atento venía a ser esto en favor del Reyno, y que en nombre del Reyno se hiciesen con el rey, su visorrey y demás personas todas las instancias convenientes para que en el decreto de la circunvecindad del puerto de Pasage-Rentería, sea comprendido en este Reyno. Y que la Diputación lo representase y suplicase a S. E., advirtiendo no se hablase sino, en cuanto a que se comprendiese al reyno de Navarra en dicha circunvecindad, sin tratar de otros intereses que los del Reyno, ni adherirse en la causa a ninguno de los pueblos que litigaban. Ni en las Cortes de 1642 y 44 no pasó de plática el proyecto, aunque se remitió a ulterior examen cometido a la Diputación, y ignora la Junta volviera a ponerse en movimiento hasta las Cortes de 1702". Ante la negativa hondarribitarra a volver a integrarse a Guipúzcoa, las Juntas guipuzcoanas acordaron separar oficialmente a la ciudad. Dice Gorosabel: "El acuerdo de esta grave determinacion, redactada con duras expresiones, fué tomado en las Juntas generales celebradas en la villa de Tolosa por el mes de abril de 1651, mandando que no se hablase mas de ello. Fuenterrabia fué considerada desde entonces como un pueblo extraño á la provincia en todas sus antiguas relaciones, y en su lugar fué admitida la representacion de la Universidad de Irun, que no había tenido parte en esta excision. Congregadas en la villa de Elgoibar por el mes de mayo de 1653 las Juntas generales, Fuenterrabia prestó en ellas su obediencia y sumision á la provincia, desistiéndose formalmente de sus anteriores pretensiones; y al cabo de quince años de separacion volvió á la hermandad de Guipuzcoa con el mismo asiento que tenía antes en las Juntas provinciales".