Pendant quinze ans, Hondarribia cessa d’assister aux Juntas Générales de Guipúzcoa et chercha à les convoquer à Navarre. Gorosabel relate cet incident, qui met en lumière le sentiment récurrent de navarrité de la place :
« À peine avait-elle obtenu le titre de ville en 1638 qu’elle cessa de participer aux Juntas générales et particulières de la province sous divers prétextes ; mais la véritable raison de son éloignement était autre, ce qui ne tarda pas à se découvrir. Elle prétendait que ses procureurs devaient occuper le premier siège aux Juntas, votant également en premier, et que dans les convocations le nom de "ville" précédât celui des "villas". En d’autres termes, elle voulait s’imposer dans l’usage des prérogatives sur tous les autres peuples, au détriment de ceux déjà en avance par leur importance et par conséquent mieux classés dans l’ordre fiscal. Comme la province ne céda pas à ces exigences irrégulières, Fuenterrabía préféra cesser d’assister aux Juntas plutôt que d’y occuper un siège qui, à son avis, semblait désormais inférieur à sa nouvelle catégorie. »
La défense de la place de Fuenterrabia ne fut pas assurée seulement par ses habitants, mais en union avec les troupes et les tercio des autres villes, comme le montre l’histoire du siège. Il était donc juste que la ville reçût le titre honorifique de « très vaillante ville » et que ses enfants distingués soient récompensés. Mais il n’était pas juste que les gloires des autres Guipuzcoans soient éclipsées, ni régulier qu’ils soient privés de leurs honneurs après avoir versé leur sang et fait tant de sacrifices pour la défense de la ville.
La province comprit cette situation et manifesta son mécontentement face au comportement de Fuenterrabia, ajoutant la nouvelle que la ville cherchait à s’incorporer au Royaume de Navarre, se séparant de Guipúzcoa.
Selon un rapport présenté aux Cortes de Navarre en octobre 1795 et publié par Idoate : « Avoir un port propre pour favoriser le commerce intérieur et extérieur de Navarre a toujours été un intérêt primordial pour ses Cortes générales. Lors des réunions de 1644, un accord fut conclu entre notre Congrès national et le chapitre séculier de Fuenterrabía, population du roi Don Sancho, sur le rétablissement d’un commerce absolu, réciproque et libre entre Navarre et cette ville, qui avait existé depuis des temps immémoriaux jusqu’à ce qu’il soit interrompu en 1521 par la sanglante guerre entre Charles V et François I de France, où les Français s’emparèrent de Fuenterrabía et du château et ville de Pampelune, détournant le commerce vers Bayonne, Saint-Jean-de-Luz et Ciboure. »
Les conférences exposaient les avantages et inconvénients de ce commerce, soulignant le zèle de Fuenterrabía pour un commerce mutuel avec la Navarre et pour la navigation sur le Bidasoa. Déjà, en 1642, il avait été décidé de délivrer des lettres de faveur à la ville de Rentería pour son port, au profit du royaume, et que la Diputación fasse toutes les démarches nécessaires auprès du roi et de son vice-roi afin que la juridiction du port de Pasage-Rentería fût incluse dans le Royaume de Navarre. Le projet n’alla pas plus loin que la discussion jusqu’aux Cortes de 1702.
Face au refus de Hondarribia de réintégrer Guipúzcoa, les Juntas guipuzcoanes décidèrent officiellement de séparer la ville. Gorosabel précise : « La décision, rédigée en termes sévères, fut prise lors des Juntas générales à Tolosa en avril 1651, ordonnant qu’on n’en parle plus. Fuenterrabia fut dès lors considérée comme un village étranger à la province, et à sa place fut admise la représentation de l’Université d’Irun, qui n’avait pas participé à cette séparation. »
Lors des Juntas générales à Elgoibar en mai 1653, Fuenterrabia prêta son obéissance et soumission à la province, renonçant formellement à ses prétentions antérieures, et au bout de quinze ans de séparation, elle rejoignit de nouveau la fraternité de Guipúzcoa avec le même siège qu’auparavant.