Un incident avec les Hendayais faillit rompre la paix entre la France et l’Espagne. En 1679, à l’occasion du passage de la reine Marie-Louise de Bourbon, les Hendayais se plaignirent des excès commis par les habitants de Fuenterrabía, notamment l’incendie d’une chaloupe transportant des prêtres et serviteurs du prince d’Ancourt et l’outrage à leur drapeau.
En représailles, en 1680, des troupes françaises se rassemblèrent près de Bayonne et quatre frégates bloquèrent l’entrée du port de Fuenterrabía. Devant cette situation critique, les Juntas Generales de Guipúzcoa tentèrent d’intervenir pour éviter un conflit international et nommèrent un juge de commission, Martín Antonio de Barrutia, pour enquêter sur les excès.
Cependant, à son arrivée à Fuenterrabía, Barrutia fut empêché d’entrer : les habitants armés et les religieux opposés à l’enquête le contraignirent à rebrousser chemin. Même en essayant de transmettre le message par l’intermédiaire d’un prédicateur, la mission échoua. La province signala au roi la résistance de Fuenterrabía à son autorité.
Le 21 mai 1680, les Juntas générales décidèrent, faute de pouvoir appliquer immédiatement la loi, d’exclure Fuenterrabía de la Hermandad de Guipúzcoa. Le roi fit savoir qu’il appréciait la fidélité de la province mais souhaitait maintenir de bonnes relations avec la ville. Une provision royale du 3 octobre 1680 confirma finalement l’exclusion et ordonna que Fuenterrabía rejoigne à nouveau la province avec ses honneurs et droits antérieurs.