Les principales différends concernaient avec Irún le chargement et le déchargement de marchandises, la démolition de maisons construites, les funérailles de membres de la royauté, l’imposition de taxes locales (sisas), la remise des répartitions, les services militaires, le contrôle des poids et mesures, et l’exemption de juridiction.
Cette même ville, ainsi que celles de Lezo et Pasajes de San Juan, eurent d’autres différends avec Fuenterrabía concernant les services militaires de leurs habitants aux occasions suivantes, selon le récit de Gorosabel :
« Ils réapparurent en 1615 à l’occasion des livraisons de l’infante D.ª Ana et de la princesse D.ª Isabel, et de l’appareil que les Français voulaient installer sur une île du fleuve ; mais ceux survenus en 1617 furent encore plus graves. Deux malfaiteurs, tentant de passer en France, embarquèrent sur une gabare dans la partie de Fuenterrabía ; les alcaldes, informés, ordonnèrent au prévôt, accompagné de six hommes, de les arrêter dans une chaloupe. Arrivés ainsi à la partie d’Endaya, ils furent attaqués par les habitants de ce village, faits prisonniers et maltraités, et la chaloupe fut brûlée. Les habitants de Fuenterrabía prirent en otages cinq habitants d’Endaya ; et ayant saisi cinq gabares de ces derniers, les brûlèrent entièrement. Ces premiers incidents entraînèrent des représailles mutuelles, telles que la saisie de navires français dans le port de Pasajes, et l’emprisonnement de plusieurs habitants de Fuenterrabía par le gouverneur militaire de Bayonne.
En même temps, les Français installèrent sur une des îles du fleuve Bidasoa un grand mât, symbole de leur possession. En conséquence, les alcaldes de Fuenterrabía, accompagnés de cent habitants armés, se rendirent sur place, arrachèrent le mât et le brûlèrent près de la halle, sous les yeux d’Endaya. Les gouvernements espagnol et français furent informés de tous ces événements ; grâce à leur intervention, les différends furent réglés avec restitution des prisonniers et des navires.
À la mort du roi D. Felipe III en 1621, la province décréta que toutes les villes célébreraient ses funérailles avec la plus grande solennité ; et que le lendemain, les bannières seraient levées pour la majesté de D. Felipe IV. Conformément à cette décision, Fuenterrabía fixa le jour pour les deux cérémonies et envoya un mandat aux villes d’Irún, Lezo et Pasajes pour que leurs habitants viennent armés et en deuil. Ces trois villes ne se sentirent pas obligées à cette participation, qu’elles jugèrent contraire et offensante à leur statut civil. Elles tentèrent donc de s’en excuser et envoyèrent leurs régisseurs respectifs, Cristóbal de Zumarrista et Vicente de la Torre, à Fuenterrabía pour expliquer les raisons de leur absence.
Les conseillers de Fuenterrabía n’étant pas satisfaits des explications de ces deux commissaires, au contraire, les arrêtèrent et les emprisonnèrent dans la prison publique. Ceux-ci firent appel de cette arbitraire violence devant le corregidor de la province ; bien que celui-ci ait ordonné leur libération immédiate, sans préjudice du résultat de l’affaire, l’ordre ne fut pas respecté. Après vingt-trois jours de détention rigoureuse, l’affaire se termina par un acte de conciliation signé le 14 juin de la même année. Dans cet acte, les villes de Lezo et Pasajes promirent de se rendre à Fuenterrabía chaque fois que de telles occasions se présenteraient ou pour tout service de Sa Majesté, comme elles avaient coutume de le faire auparavant. Fuenterrabía, pour sa part, fit cesser la procédure pénale engagée. »