Conflits avec la province. Il y en eut plusieurs à cette époque, détaillés par Gorosabel : « Depuis très longtemps, Fuenterrabía prétendait que dans le lieu appelé Puntal, proche de la ville elle-même, il y ait une barque pour le passage des personnes vers la France ; soutenant en outre que ses maires ordinaires étaient compétents pour délivrer les licences, c’est-à-dire les passeports des marchandises qui sortaient vers ce royaume. En un mot, elle visait à annuler la faveur accordée par les Rois Catholiques à la province concernant la mairie des sacs, dont la province avait alors la longue possession. Fuenterrabía fondait son objectif sur le fait que le passage de Behobia était sous sa juridiction ; et ajoutait qu’autrefois ses maires s’occupaient exclusivement de la contrebande à la frontière. Elle déduisait de tout cela que la grâce de la mairie des sacs accordée à la province ne pouvait pas porter atteinte aux droits existants à l’époque ; autrement dit, qu’il devait être compris sans préjudice pour un tiers intéressé. La province a toujours rejeté ces prétentions de Fuenterrabía, et a fermement soutenu la juridiction exclusive de son maire des sacs pour ledit passage.
En conséquence de ce désaccord, la ville de Fuenterrabía intenta un procès contre la province devant le Conseil de Castille vers les années 1560 ; et le second ressentiment contre un tel comportement injuste priva Fuenterrabía de la mairie des sacs, dont elle refusait de reconnaître la juridiction. Cela subsista jusqu’en 1621, lorsque la ville proposa un accord. À l’issue de ces démarches, une concorde fut conclue par acte du 2 mai de la même année, réduisant Fuenterrabía à renoncer à ses prétentions et procès, et reconnaissant la juridiction exclusive du maire des sacs sur tout le passage de Behobia. En considération de cette soumission, et du fait que Fuenterrabía avait été exclue de la mairie des sacs pendant plus de soixante ans, la province lui accorda deux tours extraordinaires.
Cependant, malgré une transaction aussi solennelle, la ville renouvela à diverses occasions ses anciennes prétentions. Tel fut le cas en 1675, lorsque ses maires insistèrent pour que leurs habitants ne soient pas enregistrés par les gardes de la mairie des sacs lorsqu’ils passaient en France, prétendant plutôt délivrer eux-mêmes les passeports des marchandises exportées vers le royaume. D’autres fois, ils souhaitaient que la barque de passage soit située au Puntal, c’est-à-dire à proximité de la ville. Leurs maires tentèrent également de s’approprier le traitement des plaintes de contrebande faites par eux-mêmes, leurs subordonnés ou habitants. Mais la province rejeta toujours avec vigueur ces exigences, que aucun autre maire ne pouvait avoir, en soutenant la juridiction exclusive de son maire des sacs ; d’où de nouveaux et longs procès devant le Conseil de Castille. Le résultat fut que ce tribunal suprême déclara en 1713 que la juridiction du maire des sacs était cumulative et préventive avec celle des maires ordinaires de Fuenterrabía sur son territoire. »
Le château de San Telmo. Sur une hauteur, pour la défense de ce port contre les pirates, le château de San Telmo fut construit en 1598 par ordre du roi, près du cap Higuer, et depuis lors, il était généralement armé et garni.