Irún et Pasajes deviennent indépendants. L’université d’Irún se sépara de la juridiction de Fuenterrabía en 1766, et le quartier de San Juan de Pasajes en 1767. Le territoire ancien de Fuenterrabía fut dès lors réduit au territoire qu’il possède aujourd’hui, plus celui de Lezo.
Guerre de la Convention. Le 23 avril 1793, le fort de Hendaye est détruit depuis celui de Fuenterrabía. Cette dernière fut à son tour bombardée en juillet de l’année suivante, puis son territoire envahi. Le 1er août 1794, face à l’avancée française, Fuenterrabía capitule. L’armée française y capture :
| Quantité | Matériel |
|---|---|
| 2.000 | prisonniers |
| 200 | canons |
| 10.000 à 12.000 | fusils |
| 1.500 à 1.600 | tentes de campagne |
| 4.000 | bombes, obus et balles |
| 30 à 40 | chaloupes de pêcheurs |
| 3 | navires à deux mâts |
| 1 | canonnière bien équipée |
La garnison ne fut évacuée qu’au mois de septembre, lorsque la paix fut conclue, et encore alors, après avoir fait sauter le palais, les forts et les murailles, surtout du côté de Hendaye. La Gaceta de Madrid attribua la reddition de la ville aux influences de son maire Joaquín de Irarreta, des capitulaires et de certains habitants, pour laquelle un conseil de guerre d’officiers généraux se tint à Pampelune. Après examen de leur conduite, le conseil déclara que le maire, les capitulaires et les habitants avaient contribué autant qu’ils pouvaient à retarder et empêcher la reddition.
Incident avec Irún, 1801. Les habitants d’Irún et de Fuenterrabía se disputèrent de nouveau en 1801 lors du passage des rois de Toscane. Par ordre royal du 28 mai de la même année, il fut ordonné que les deux parties oubliassent mutuellement les événements survenus à cette occasion, dans l’idée que si une situation similaire se présentait à l’avenir, le roi déterminerait à l’avance le droit en litige.