En el periodo 1970-1971, contaba con 42 unidades escolares, de las cuales 25 eran públicas, 15 pertenecían a la Iglesia y 2 eran privadas. Además, existía una ikastola. El total de escolarizados ascendía a 910 niñas y 812 niños.
A comienzos del siglo XIX, la localidad poseía una escuela elemental de niños, dotada con 4.400 reales anuales, y una escuela de niñas con 1.500 reales. A la primera acudían cerca de 100 niños. El maestro residía en la casa contigua al palacio real, situada en la plaza de armas. A mediados del siglo XIX, se estableció una segunda escuela de niñas en la Marina, aunque sin dotación económica alguna.
A comienzos del siglo XX, Serapio Múgica describe la situación educativa: "En el casco de la ciudad hay una escuela completa mixta, en buen edificio construido a expensas del filántropo guipuzcoano Pedro de Viteri; en el barrio de la Marina hay una escuela de párvulos regida por una maestra, y otra escuela mixta regentada por maestra también, en el barrio de Jaizubía. En Gurutze y Gaintxurizketa funcionan otras dos escuelas mixtas, particulares".
Además de estas escuelas, tres órdenes religiosas —los PP. Capuchinos, los betharramistas y los de los Sagrados Corazones— instruían a numerosos alumnos y preparaban a los jóvenes para el desempeño de su misión religiosa. También existían cuatro colegios regidos por religiosas: el de las Hijas de la Cruz, el de las Siervas de María, el de las Ursulinas de Pau —que ocupaban desde hacía años el magnífico edificio del antiguo Hotel Miramar— y el de las Damas de Saint Maur. Todas estas comunidades, a excepción de los PP. Capuchinos, eran francesas y se instalaron en Fuenterrabía como consecuencia de la expulsión decretada en Francia por Waldeck-Rousseau en julio de 1901.
Finalmente, la localidad contaba con la colonia escolar "Blanca de Navarra", inaugurada en 1934, que acogía en verano a seis tandas de 250 niños.