Harreman estua Nafarroarekin. Erresuma batetik bestera pasatu arren, mendeetako lotura ekonomikoek jarrera adeitsuan mantendu zuten Hondarribia Nafarroako erresumaren aurrean, batez ere, merkataritza-harremanei dagokienez, bi koroen arteko mugako gatazka ia endemikoak gorabehera. Horregatik, Gaztela eta Nafarroaren artean ezarritako su-etenez baliatuz, Hondarribiko Kontzejuak hitzarmen bat sinatu zuen 1245eanb Teobaldo I.a erregearekin, nafarrak eta haien ondasunak babesteko konpromisoa hartuz:
"Nos el prebost, los jurados, et todo el conceyllo de Fontarrabia: facemos á saber á quantos estas letras veyrán, que Nos á bona fe recebimos en nuestra comienda, et en nostra defension, por el tiempo que la tregoa de los reyes durare, á los homes et las femas et todas las cosas del regno de Navarra, cuanto nuestro poder se estiende, eyllos pagando en nostra villa las costumnes que hi pagar se deben. Nin debemos recebir en nostra villa, ni en poder de illa, nuil mal feitor, ni roberia que hi faga, si non fuere por mandamiento de nuestro seinor el rey de Castella, ó daqueil que terrá la villa por honor."
(“Gu, nagusia, batzak eta Hondarribiko kontzeju osoak hau jakinarazi nahi diegu testu hau irakurriko dutenei: fede onez, gure egiteko eta defentsa gisa, erregeen arteko su-etenak dirauen bitartean, Nafarroako gizon eta emakumeak eta gauza guztiak gure ardurapeko eremu guztian hartuko ditugula, eta beraiek hemen ordaindu behar diren ohiko ordainketak egingo dituzte. Ez dugu onartuko hiriburu honetan eta bere agindupeko eremuan ez gaizkilerik ezta lapurrik ere, Gaztelako gure Errege Jaunak edo, ohore gisa, hiribildua jasoko duen norbaitek agindutakoa ez balitz”).
Iruñeko katedralak XIII.-XV. mendeen artean, Hondarribiaren ondoan, hainbat larreren jabe izaten jarraitu zuen. Era berean zituen San Migel in Excelsisek (Aralarko San Migel) 1371ko eta 1374ko dokumentazioaren arabera.