Berriz ere Nafarroako portua, 1805-1814. 1805eko irailaren 16an, Nafarroako Diputazioak erregeari eskatu zion Irun eta Hondarribia Nafarroara anexionatzeko, itsas portu bat edukitzeak Nafarroarentzat zuen garrantzi handia adieraziz. Erregeak urte bereko irailaren 26ko errege aginduaren bidez onartu zuen. Urriaren 10ean Miguel Escudero Nafarroako komisionatuak Hondarribiko karguaz jabetu zen. Gipuzkoako Foru Aldundiak hainbat ordezkaritza helarazi zizkion erregeari, anexioaren aurka protesta eginez, baina erregeak ez zituen entzun, eta irailaren 26ko agindua berretsi zuen (dok. en CCPV, t. III, fol. 494). Hala ere, Gipuzkoak galdutako lurraldeak berreskuratu nahian jarraitu zuen, eta, azkenean, 1814ko abuztuaren 18an, Nafarroako erregeorde Ezpeletako Kondeak Nafarroako Diputazioari jakinarazi zion lurraldeak Gipuzkoara itzultzeko benetako erabakia, eta hori handik gutxira gertatu zen.
Frantsesaren esku, 1808-1813. Plaza Jose I.aren izenean hartu zen 1808an. 1813ko martxoaren 11n, Fermin Legia 1. sarjentuak, hamabost gerrillarirekin batera, Hondarribiko gaztelua hartu zuen, gauez bere goarnizio frantziarra ustekabean harrapatuz. Ahal izan zuen armamentua eta munizioa eraman zituen, gainerakoa erabili gabe, eta hiru laurdenetan suntsituta geratu zen bastioiari su eman zion. San Martzialeko batailaren ondoren frantsesek plazatik alde egiten zuten.
Karlistaldiak. Karlistek arazorik gabe okupatu zuten hiria, liberalismoaren elementu bereizgarriek Donostiara, Hendaiara edo beste leku seguru batzuetara ihes egin zezaketelarik, horien artean J. M. Benigno Iriarte alkatea. British Legionen etorreraren ondoren, matxinoen egoera zailagoa bihurtu zen inguru hartan. 1837ko maiatzaren 18an, Hondarribiko goarnizio karlistak Schellyren erasoen aurrean hartu zuen parte, Esparterok prestatutako Hernaniko lerrokoekin konbinatutako erasoak, gudaroste karlista gehiena erregearen espedizioan zegoen bitartean. Bigarren gerran, karlistek ez zuten interes berezirik izan, eta tropek Irun setiatu eta Jaizkibel menderatu zuten. Hori amaitu eta foru sistema indargabetzean, bere garrantzi komertziala murriztu egiten da.