Gipuzkoako bereizketa, 1638-1653. Hamabost urtez, Hondarribiak Gipuzkoako Batzar Nagusietara joateari utzi eta Nafarroara bere bilera kudeatzen saiatu zen. Gorosabelek, beraz, plazaren nafartasuna nabarmentzen duen gorabehera hau azaldu du: "1638. urtean ia ez zen lortu hiri-titulua; probintziako Batzar Nagusiek eta partikularrek ez zuten parte hartu beste aukera batzuekin; baina desbideraketaren benetako arrazoia beste bat zen, laster aurkitu zena. Hain zuzen ere, bere prokuradoreek Batzarretan lehen idazpena betetzeko asmoa zuen, lehenengoetan ere botoa emanez; eta deialdietan hirilurren izena hiriaren izenaren aurretik jartzea. Hitz batean, prerrogatiben erabileran gainjarri nahi zituen gainerako herri guztiak, eta antzinako jabetzan eta ohituran kalte egiten zien garrantzi handiagatik aurreratuen zeudenei, eta, beraz, errogu-goiburuan gehiago kargatutakoei. Probintziak hain eskakizun irregularrak sortu ez zituenez, Hondarribiak nahiago izan zuen Batzarretara joateari utzi eta aurreko idazpena bertan izatea; idazpen horrek, hankaz gora jartzean, kategoria berria beherago utziko luke. Hondarribia plazaren defentsa ez zen bertako bizilagunengatik bakarrik egin, baizik eta tropa eta beste herri batzuen herenengatik, probintziaren aginduz sartu baitziren bertan, asedioaren historiak erakusten duenez. Bidezkoa zen, beraz, plaza horren erresistentzia heroiko hura betikotzeko, oso hiri baliotsuaren ohorezko titulua ematea: hartan bereizi ziren seme-alabak sarituko balira, ez zen izango, seguruenik, gainerako gipuzkoarren gloriak ilunduta geratuko zirenik. Ez zen erregularra haiek beren ohoreetan geraraztea, beren odola isuri ondoren, eta herri hau salbatzeagatik hainbeste sakrifizio egitea, eta badirudi gero ez direla ezagutzen. Hala ulertu zuen probintziak, eta antzeko portaera eragin zion sentimendua adierazi zuen; horri gehitu zitzaion Hondarribia kudeatzen ari zela Nafarroako Erresuman sartu zelako, Gipuzkoatik aldenduz". Idoatek "R. de la H." aldizkarian argitaratutako 1795eko urrian Nafarroako Gorteetan aurkeztutako txosten baten bidez. Zk." (II) badakigu zer izan ziren kudeaketa horiek: "Nafarroako barne- eta kanpo-merkataritza sustatuko duen portu propioa izan da, eta Gorte Nagusiek mende honetan eta iragan mendean izan dituzten interes garrantzitsuenetarikoa izan da. 1644. urtean egin zirenetan, gure Kongresu nazionalaren eta Hondarribiko kabildo sekularraren (D erregearen herria) artean konfirmatu zen. Antso, Nafarroaren eta hiri haren arteko merkataritza absolutu, elkarrekiko eta librea berrezartzeari buruz. 1521ean, Karlos V.aren eta Frantzisko I.aren arteko gerra odoltsuarekin, Hondarribia eta Gaztelu eta Iruñeko hiriaren frantziarrak bereganatu zituen, eta Juan Bayigonak Futzioren eta Baijonen trafikoa banatu zuen. Hitzaldi haietan, merkataritza hura berrezartzeko abantailak eta desabantailak aurkeztu ziren, eta Hondarribiko ofizialtasuna nabarmendu zen, Nafarroarekin merkataritzan aritzeko irrikan baitzegoen, eta, horretarako, Bidasoa ibaia nabigatu ahal izateko. Eta arreta egokia ageri da Gorte haietan; 1642ko Gorteetan jada adostu zen Errenteriako hiribilduari aldeko gutunak ematea, portuari zegokion uzia zela-eta; adi egon zen hori Reynoren alde, eta, Reynoren izenean, erregearekin, haren bisorreyerregearekin eta gainerako pertsonekin egin zitezela eskaera guztiak, ReageHerriko Bilbaduraren dekretuan Erregea izan ez zedin. Eta Foru Aldundiak ordezkari izatea eta S eskatzea. E., ohartaraziz ez zela hitz egingo, baizik eta Nafarroa inguru horretan uler zitekeela, Reynorenak baino interes gehiagokorik tratatu gabe, eta auzipeko herri bakar bati ere ez atxiki. 1642ko eta 44ko Gorteetan ere ez zen proiektua erabat aldatu, nahiz eta geroago Aldundira egindako azterketara jo zen, eta ez du Batzordea berriz ere martxan jarri 1702ko Gorteetara arte". Hondarribiak Gipuzkoara itzultzeari uko egin zionez, Gipuzkoako Batzarrek hiria ofizialki bereiztea erabaki zuten. Gorosabelek honela dio: "Determinazio larri horren erabakia, adierazpen gogorren bidez idatzia, Tolosako Batzar Nagusietan hartu zen 1651ko apirilean, eta horri buruz gehiago ez hitz egiteko agindu zen. Handik aurrera, Hondarribia herri arrotz gisa hartu zuten probintzia, antzinako harreman guztietan, eta, haren ordez, onartu egin zuten Irungo Unibertsitatearen ordezkaritza, zeinak ez baitzuen parte hartu eszisio horretan. 1653ko maiatzean Elgoibarren kongregatu ziren Batzar Nagusiak, eta Hondarribia probintzian obedientzia eta sumisioa izan zen haietan, eta formalki bertan behera utzi zituen aurreko asmoak; handik hamabost urtera, Gipuzkoako ermandadea itzuli zen, lehen Batzar Probintzialetan zuen idazpen berarekin".