Los franceses habían invadido Guipúzcoa. El Señorío movilizó sus milicias por orden de la Diputación. Bilbao cumplió el decreto del Señorío guarneciendo los cuatro castillos costeros de Portugalete, Santurce y Guecho y las baterías en El Solar (Portugalete) y punta Galea. El Consulado puso sus recursos a disposición del Concejo, armando dos goletas. El 20 de agosto de 1794, las milicias bilbainas se dirigen a la frontera con Guipúzcoa para defenderla de los convencionales. El 22 de agosto, las milicias de Abando, Begoña y Deusto salen a defender el mismo objetivo. Después de un año de resistencia se veían obligados los vizcainos a replegarse a la línea Ondárroa, Ermua y sus puertos. El general Crespo, que mandaba las fuerzas reales en la línea Vergara-Mondragón, se retiró dejando al Señorío a sus solas fuerzas. Una real orden autorizaba al Señorío a capitular en el peor de los casos. El 12 de julio de 1795 el general Dessein intimida a Vizcaya a la rendición. En la mañana del 19 de julio entraban los convencionales al mando del general Willot y en la noche del 20 entraba por la puerta vieja de San Antón Moncey, general en jefe del ejército francés. Después de concertada la capitulación (22 de julio) por la que Bilbao se comprometía a una neutralidad absoluta, se retiraban los franceses dejando un Comisario de guerra para concertar cuentas de bienes incautados y suministros efectuados.