Varios miles de soldados franceses habían ocupado el Señorío por acuerdo de Godoy con Napoleón, en enero de 1808. Bilbao debía suministrarles lo que necesitaran. Los afrancesados estaban apoyados por los más influyentes acaudalados como Gardoqui y Vildósola y sobre todo personajes importantes como Mariano Luis de Urquijo, nombrado ministro secretario de Estado del rey intruso, el diputado Yandiola y Gabriel Benito de Orbegozo, comisionado del Consulado de Bilbao en la Junta de Bayona. Por otra parte, las gentes del pueblo, influenciadas por las promesas inglesas, y sobre todo su repulsión a toda ocupación militar extranjera, acabaron por formar un partido partidario de la guerra. Propuso Doyle al general Blake que enviase oficiales a Vizcaya para insurreccionar el país. La vecina Santander se había levantado en armas. La Diputación General de Vizcaya mandó a las justicias del Señorío que estuviesen alertas y tuvieran al país en quietud, según las disposiciones del propio rey. El día 5 de agosto se amotinó Bilbao en la Plaza Vieja clamando guerra contra los franceses. El Consulado deseaba la paz y quietud. Pero los moradores de Abando, Baracaldo, Begoña y anteiglesias vecinas impusieron la sublevación. Arrestaron a los miembros de la Diputación y se ofrecieron a la recién constituida «Suprema Junta de Vizcaya» (14 agosto de 1808). El día 7 se ordenaba el alistamiento de hombres desde los diez y seis a los cuarenta años. El día 12 se disolvía la Junta y entregaba sus funciones a la Diputación del Señorío. Se formó una comisión permanente de guerra. Las compañías vizcainas se pusieron a las órdenes del comandante general Tomás de Salcedo. Se concentraron en Bilbao. Se pusieron en estado de guerra los puertos. La intervención de los ejércitos franceses destacados por Guipúzcoa y Alava y por Castilla era inminente. Se pidieron auxilios a las tropas reales, a Santander, a las tropas inglesas en Asturias, pero todo fue inútil. En este desamparo el Concejo de Bilbao y sus más notables vecinos acordaron capitular. El pueblo, en cambio, optó por la resistencia. Apresaron a los diputados, colocaron dos cañones en la Plaza Vieja, una barricada en los Santos Juanes y se atrincheraron en el alto de San Francisco, sobre Marzana. El día 15 había todavía dos batallones bilbainos avanzados en Mallavia. Ese mismo día se retiraban hasta el puente de Bolueta. Merlin, desde Burgos, pasando por Vitoria y Ochandiano avanzaba hacia Bilbao. El día 16 desbarataban a las tropas del Señorío en Bolueta. Otras avanzadillas iban sobre el Morro. Resistieron en una fragua de Achuri los bilbainos y luego en los Santos Juanes. Desde la Ribera de Allende el Puente y alto de Larrínaga, hostigaban otros grupos de paisanos. Los franceses entraron en Bilbao cometiendo desmanes y empezó el saqueo y el crimen. La resistencia había sido vigorosa y se calcula que hubo 1200 muertos en la defensa. Los franceses convocaron las Juntas Generales del Señorío para los días 26, 27 y 28 de agosto. En septiembre se presentó en Abando el general Blake. Los franceses evacuaron la villa retirándose a Durango. Fueron repuestas las autoridades desposeídas. Pero el 26 del mismo mes el general francés Ney, llega desde Logroño y ocupa nuevamente Bilbao. Los defensores que se habían replegado a Valmaseda, unidos a tropas de Blake, vuelven a tomar la villa el día 12 de octubre. Vencido Blake en Zornoza se retira aceleradamente a Valmaseda. En la mañana del día 2 de noviembre los franceses del general Lefebvre entran en Bilbao. El régimen foral se mantenía, salvo algunas disposiciones provisionales de la ocupación, pues el metido militar lo asumía el general J. J. Avril, «Gobernador de la Provincia de Vizcaya». En febrero de 1809 fue nombrado Francisco Amorós, «Comisario Regio de Burgos, Alava, Guipúzcoa y Vizcaya». En abril de 1809 se constituyó un Tribunal criminal extraordinario, para juzgar a los desafectos. En 8 de febrero de 1810 un decreto del emperador establecía en Bilbao un «Gobierno de Vizcaya» para el Señorío, Alava y Guipúzcoa. Sustituyó cada Diputación por un Consejo de Provincia. Salcedo, al mando de insurgentes, acampó ante Bilbao e intimó su rendición. En 1812, los insurgentes tenían ya organizado para sí el territorio, pero cometieron el error de atenerse a una Constitución promulgada en Cádiz. Mendizábal, que mandaba el VII ejército no cesaba en amagar Bilbao. En enero de ese año se redobló el ataque sobre Bilbao, defendida por Rouget: ocuparon vizcainos y alaveses los puertos de Bermeo, Castro y Lequeitio. El 22 de junio fue el ataque a Bilbao por el puente de Bolueta y Ollargan. Renovales, viendo que la desproporción de fuerzas era tremenda, se retiró a Orduña. El día 11 de agosto entraban las tropas de Renovales en Bilbao. A los pocos días llegó Mendizábal, «Mariscal de Campo de los Reales Ejércitos y Comandante General de las Provincias Vascongadas» e impuso el reconocimiento de la Constitución de Cádiz. La plaza fue evacuada de nuevo. Mendizábal se estableció en Galdácano. El 23 de agosto hubo gran combate en Begoña. Caffarelli recuperó a Bilbao el día 27 y venció a los vizcainos de Renovales en Portugalete. Nueva evacuación y toma de la villa por Renovales (8 de septiembre). El 31 de diciembre ya estaba de nuevo Caffarelli en Bilbao. Los insurgentes combatían ayudados por la flota y efectivos ingleses. A primeros de 1813 hubo un gran ataque contra la villa, que fracasó después de durísima lucha. La definitiva evacuación de Bilbao fue el día 21 de junio cuando las tropas ocupantes se retiraron hacia Vergara. Inmediatamente fueron establecidas las instituciones constitucionales gaditanas. Pero por R. C. de 27 de junio de 1814 fueron abolidas las instituciones anteriores y restablecidas las forales. Inmediatamente comenzó también la persecución de los afrancesados.