Ya en 1827 se había señalado la presencia de partidarios del infante don Carlos frente a Fernando VII. En Bilbao hubo mucha turbación con la noticia del alzamiento de Lausagarreta, proclamando al Infante. Los liberales de Bilbao estaban muy vigilados. Se temía que secundaran los planes de Torrijos, Mina, Gurrea y Chapalangarra. Se procedió a la proclamación de Isabel II como Princesa de Asturias. El Infante se negó a reconocerla, alegando mejor derecho, abandonando la Corte el día 16 de marzo de 1833. Muerto el rey el 29 de septiembre, Bilbao y Vitoria se alzaron por don Carlos el día 3 de octubre. Al día siguiente fue proclamado Carlos V, prestando juramento de fidelidad la Diputación y el Ayuntamiento. Todo el País siguió el gesto de Bilbao. Los alaveses fueron batidos en Peñacerrada dejando al general cristino Sarsfield el camino abierto para la villa, que fue evacuada el 25 de noviembre. Aquél entró el día 26. Al año siguiente, 1834, hubo un intento de toma de la villa, que fracasó. El día 10 de junio de 1835 se presentaba Zumalacárregui frente a Bilbao, tomando Luchana, Banderas, el convento de Capuchinos de Deusto, el de San Mamés de Abando, los altos de Miravilla y el Morro. El día 12 intimó Eraso la rendición y el 13 comenzó el asedio. El 14 abrían fuego de cañón desde Begoña, logrando abrir tres brechas en la fortaleza del Circo. No pudieron los carlistas cerrar el paso del Ibaizábal debido a embarcaciones extranjeras que se lo impidieron. El día 15 de junio los tiros del fuerte de Larrínaga alcanzaron al general Zumalacárregui, que fue llevado a Durango. El asedio continuó al mando de Eraso y de don Carlos. El 16 prosiguió el bombardeo carlista. Se recrudeció el bombardeo y el día 27 se intimaba a la villa a rendirse. Fracasadas las negociaciones se reanudó un furioso bombardeo los días 28 y 29. Fuerzas liberales, al mando de La Hera, Latre y Espartero, venían en auxilio desde Portugalete. El día I de julio los carlistas levantaban el asedio ante el resuelto avance de los liberales. El día 4 entraba el general Córdoba en Bilbao. Durante el año 1836, carlistas y liberales aparecían y desaparecían por las cercanías de Bilbao, ocasionando encuentros sin importancia. El comandante general Santos San Miguel obligó al Ayuntamiento y Diputación foral al establecimiento de la Constitución gaditana. El Ayuntamiento solicitó a S. M. el restablecimiento de la Diputación Foral. El día 23 de octubre (1836) comenzaba un nuevo asedio. El día siguiente la villa estaba totalmente aislada. La circundaban el II batallón de Guipúzcoa, I y V y parte del VI de Vizcaya, compañías alavesas, el III de Navarra y tres compañías aragonesas. El 25 comenzó el bombardeo carlista desde la batería colocada en Artagan, y otras cuatro en Esnarrízaga, Zelemintxu, Albia y otra contigua a San Agustín. Atacaron a Mallona y el Diente, hasta combatirse cuerpo a cuerpo. Los días 27 y 28 se recrudeció el bombardeo y se luchó con mucha furia. Los carlistas retiraron su artillería trasladándola a otro lugar. El día 23 se consideraba roto el bloqueo. El día 2 de noviembre entraba en Bilbao el comandante Araoz, con sus fuerzas desde Portugalete y un importante convoy de víveres y pertrechos. Nuevamente el 7 de noviembre comenzaron a sitiar y hostigar a Bilbao las tropas de Eguía apoderándose de Portugalete, Desierto, Arriaga, Luchana, Banderas, Capuchinos, Burceña y San Mamés, cerrando la ría en San Mamés con un puente de barcas. Los días 14, 15, 16 y 17 se incrementó el ataque. Derribado un muro del convento de San Agustín y deshecha la barricada de paso a la Sendeja los carlistas se lanzaron a la brecha, en tres asaltos, que fueron repelidos por los defensores. El 22 arreció la lucha y el asalto. El 24 y 25 se advirtieron señales de que llegaban fuerzas de socorro. El 27 cayó el fuerte de San Agustín en manos carlistas tras violentísimo asalto. Todos los intentos de los defensores por reconquistar la iglesia fracasaron. Al día siguiente, 29, intentan tomar la villa por el punto del Convento de la Concepción en sucesivos asaltos por dos brechas abiertas en las defensas, sin conseguirlo. Las tropas de socorro se acercaban de Portugalete para llegar a Algorta y Axpe y por Asúa y Archanda a Bilbao. Los carlistas de Eguía hicieron frente a las tropas de Espartero en Asúa (día 5), rechazándole al paso del Kadagua, empujándoles hacia Sestao y Portugalete (día 16). La noche de Navidad los liberales ganaban el paso del río Asúa. También durante la noche del 25 Espartero logró franquear las posiciones carlistas entrando a las nueve de la mañana en la villa. El sitio de Bilbao había durado cuarenta y tres días de privaciones y horrores.