Bilbao, próspero y engrandecido, conservaba aquellos privilegios recibidos en otros tiempos para favorecer la creación de un núcleo mercantil y naviero. Otra vez los vizcainos estimaban que sus prerrogativas perjudicaban al resto del país. El poder económico de la villa, en manos de un núcleo muy importante de comerciantes y gentes de negocio, no estaba dispuesto a ceder nada a los otros puertos. La Junta General de 1792 había proyectado planificar una nueva plaza de comercio en la ría de Guernica y barra de Mundaca. La guerra de los convencionales suspendió el proyecto. En 1801, Zamácola, propuso en la Junta General de Guernica que se estableciera y fomentara el comercio en cualquier pueblo de la ría, desde Bilbao a la barra. Una R. O. de 31 de diciembre de 1801 otorgaba la habilitación para establecer carga y descarga en cualquiera de las anteiglesias de la ría de Olabeaga. Fue instalado en Abando el llamado Puerto de la Paz. En Juntas Generales de 1804 se aprobaba un plan de servicio militar, propuesto por Zamacola, que fue estimado por los vizcainos como un atentado al sistema foral. El tumulto comenzó en Begoña. Se trataba, a primera vista, de anular el acuerdo antiforal. Pero la incitación partió de la burguesía rica. Tomaron presas a algunas autoridades, que fueron libertadas por influencia de Mariano Luis de Urquijo y José Domingo de Mazarredo. La rebelión se extendió a Baracaldo, Deusto y Sestao. Bilbao intervino tratando de evitar la lucha entre los vizcainos amotinados y fuerzas armadas por Zamacola en Dima, Ochandiano, Yurre y Arteaga. En vista de que Vizcaya se hallaba en poder de los sublevados, Godoy envió tropas como se había hecho ya con motivo de la Matxinada. El 21 de septiembre de 1804 entraba en Bilbao el comandante general Benito de San Juan y tras él llegó el juez de comisión Francisco Javier Durán. Su sentencia fue a todas luces dura. Condenaba a más de trescientas personas, incluidos los Urquijos y Mazarredo, rivales de Godoy en Madrid. Bilbao fue agobiada de gastos por el crecido contingente de tropas que ocupaban la ciudad. Se les suprimió el título de Muy Noble y Muy Leal a las villas de Bilbao, Abando, Begoña, Deusto y Baracaldo. Se suprimió el cargo de Alcalde y se creó un Comandante general que hiciera de gobernador militar y político del Señorío. En 1806 todavía no podía Bilbao deshacerse de la carga económica que le arruinaba. Ver ZAMACOLADA.