La Diputación carecía originalmente de un ámbito competencial propio y no podía actuar si no existía una delegación expresa o tácita de un cometido concreto. Su emancipación institucional se vio favorecida por un intento de resolución de delimitación de competencias de la Junta General en 1695 que quiso "reconocer qué materias, usos y cosas se deben determinar y decidir por los Diputados Generales, sin consenso de los Regidores, y en cuáles han de juntarse y convocarse para su resolución, y cuáles se han de remitir a Juntas Generales y de Merindades". A partir de esta fecha aparece la Diputación como un órgano independiente: sus actos tienen el mismo valor que los del Regimiento y ambos órganos se van a denominar indistintamente "Govierno Unibersal del Señorío". La evolución institucional va a tender a lo largo del s. XVIII a marginar al Regimiento, que aparece cada vez más como un órgano menos funcional y operativo, al tiempo que gana fuerza la Diputación.