Con la Guerra Civil, y la participación de las provincias de Bizkaia y Gipuzkoa en el campo republicano, las Diputaciones continuaron su labor de recaudación fiscal mientras que el Gobierno Vasco se centró más en el campo de la política económica (moneda, precios, etc.). Tras la caída de Bilbao, en junio de 1937, la derogación del Concierto fue inmediata. La justificación fue el mal uso hecho de este privilegio y que se alzaran en armas, estas dos provincias, contra el Movimiento Nacional, "correspondiendo así con la traición a aquella generosidad excepcional" (Decreto-Ley de 23 de junio de 1937. B. O. E. 24 de junio de 1937). Alava -y Navarra- continuaron con su sistema, aunque desde 1940 la aproximación a la normativa general de hacienda fue cada vez mayor. La abolición del Concierto supuso para la Diputación vizcaina, además de la pérdida de capacidad en materia de hacienda, la pérdida de sus atribuciones privativas, carreteras (652 Km de los 1.182, 23 Km. que gestionaba), etc. En otra disposición, dictada por el general en Jefe del Ejército del Norte quedaron disueltos por colaborar con el bando republicano los Cuerpos de Miñones de Bizkaia y el de Miqueletes guipuzcoano.
Bizkaia. Administración pública (version de 1999)
La derogación del Concierto Económico (1937).