En relación con la existencia de Comisiones, Marichalar se limita a decir que "para simplificar las discusiones, suelen nombrarse comisiones que examinan los negocios y emiten dictamen, que casi siempre es aprobado". Son muchos más explícitas las noticias aportadas por Echegaray cuyo interés justifica su transcripción literal. "Para el examen de los asuntos de que había que tratar, se nombraban comisiones permanentes, a las que se pasaban todos los expedientes que la Diputación hubiere despachado durante el bienio. Las comisiones en los últimos tiempos que se reunieron las Juntas eran, generalmente, de Fueros, Instrucción Pública, Culto y clero, Caminos, Hacienda y cuentas, Suministros y Expedientes Memoriales, sin perjuicio de nombrar otras especiales, cuando la gravedad o índole del asunto así lo requería.. Las comisiones estudiaban todos los expedientes, para lo cual deliberaban con detenimiento, y llamaban en su seno a los Diputados, a fin de que diesen explicaciones o contestaran a los cargos que contra ellos se formularan; y después emitían sobre cada asunto un razonable informe que se sometía a las deliberaciones de la Junta General".