a) Convocatoria. En la Edad Moderna, hasta el s. XVIII, la convocatoria se producía obligatoriamente por el Corregidor a instancia de los dos Síndicos, tras comunicar con los Diputados. A partir de un cierto momento se reconoció a cualquier anteiglesia la capacidad de convocatoria de los Síndicos. En la centuria antes citada el derecho de convocatoria corresponde al gobierno del Señorío, que concretaba normalmente los puntos fundamentales del orden del día. En lo que concierne a la comunicación de la convocatoria, olvidado en antiguo sistema de tañido de las cinco bocinas en los cinco montes, propio del período medieval de asistencia universal, se expedían nueve mandamientos a los prestameros y merinos que lo hacían llegar a las anteiglesias. En cuanto a las Villas, desde 1630, se les hacía llegar por correo repartido por veredas, procedimiento que al poco tiempo se generalizó para todos.
b) Periodicidad. La costumbre antigua de reunir la Junta cuatro veces al año había quedado obsoleta en la segunda mitad del s. XVI, período en que se observa una completa irregularidad en cuanto a la reunión de la Junta. La evolución obedece a la creación del Regimiento que atendía mejor al gobierno y a la administración ordinaria del Señorío. Desde 1610 correspondía a los Síndicos, tras comunicar con los Diputados, la decisión del cuándo, de la oportunidad de celebración, teniendo en cuenta que al menos cada dos años debía convocar una Junta Electoral y que cualquier anteiglesia podía solicitar la celebración. De hecho a lo largo de la Edad Moderna lo habitual solía ser una o dos reuniones anuales. En cuanto a la evolución del tiempo empleado en las reuniones se advierte que mientras en el s. XVI las sesiones sólo duran un día, en la centuria siguiente se emplea normalmente más de un día y en el s. XVIII la regla tiende a ser los tres o más días de reunión.
c) Lugar de celebración. Ya en el s. XV Gernika se afianza como lugar de celebración de las Juntas frente a Aretxabalaga e Idoibalzaga. Hay que destacar que los predios donde estaban situados el roble y la iglesia juradera pertenecían a la jurisdicción de la anteiglesia de Lumo, y por tanto formaba parte de la Tierra Llana y no del villazgo guerniqués. El término era propiedad, la única existente, de la comunidad del Señorío, y en consecuencia la Junta y el Regimiento ostentaban el patronato de la iglesia juradera. Antes de la erección del actual edificio de la Junta existían tres elementos: en primer lugar el conjunto integrado por el viejo árbol, que contaba con 300 años cuando Iturriza escribió su Historia General, junto a una tribuna cubierta, situada en un promontorio donde se colocaba la Presidencia y una plaza aneja enmarcada por asientos de cal y canto, que fue rodeada por una reja de madera para aislar y proteger a los apoderados. La pequeña ermita juradera medieval fue reedificada por el Corregidor Gonzalo Moro, en los comienzos del s. XV. Estaba situada a unos 15 pasos del árbol y atendida permanentemente por una freila. A partir de 1612 y pensando en el uso como lugar de Congreso, se inicia la recomposición y el arreglo de la ermita, colocando asientos de piedra a ambos lados, abriendo ventanas e instalando vidrieras. También se reparó la casilla adosada a la ermita que contenía el Archivo de Bizkaia. Hasta el inicio del s. XVII "so el árbol" era el único lugar en que se podía celebrar la Junta, es decir en la tribuna y en la plaza. Sólo la recepción del juramento de los Reyes y de los corregidores y tenientes podía tener lugar en la ermita, por lo que el traslado de la asamblea a la ermita o a otros lugares por cualquier motivo -aguaceros o mal tiempo u otros avatares- obligaba a volver a constituir la Junta repitiendo el llamamiento a los apoderados. La celebración de la Junta so el árbol presentaba serios reparos. En la segunda mitad del s. XVII la costumbre había variado. La primera sesión para el ajuste de poderes se efectuaba so el árbol, para continuar después en la ermita juradera.
d) Actividad formal.
Constitución de la Junta. Tras la reunión de junteros y Diputación, y efectuado el llamamiento según la matrícula antigua, los secretarios examinaban los poderes y, a continuación, los junteros pasaban a la iglesia. El Síndico comunicaba los asuntos que se habían de debatir, generalmente propuestos por este oficial; sin embargo hay ocasiones en que una o varias entidades representadas presentan en las Juntas memoriales, peticiones, etc. En la práctica los particulares podían contar con la posibilidad de que sus negocios tuvieran acceso a la consideración de la asamblea.
Tramitación de los asuntos. Para la preparación de resoluciones sobre determinadas materias de examen complejo la Junta designaba a una Comisión con el mandato de preparar un examen para el pleno. Era habitual que se sometiera al gobierno muchos de los asuntos presentados al Congreso. No era posible ocupar indefinidamente a la Junta y había, por otra parte, muchas cuestiones de carácter técnico que requerían una atención que la asamblea no podía dispensar. Era el caso de los problemas de economía pública, cuestiones de defensa y los más variados temas. Habitualmente casi todas las resoluciones eran adoptadas tras un debate y por consenso unánime. Cuando el consenso ordinario se rompía se procedía a la "reducción a votos", según un procedimiento singular. Fijadas las alternativas, los poderhabientes salían del recinto y eran llamados por el secretario según el orden tradicional. Entraban uno a uno en el templo y comunicaban a la Presidencia la postura de su República. Realizado el escrutinio, el Corregidor proclamaba el resultado mayoritario. A destacar el uso de la llamada protesta, declaración pública efectuada por un miembro o por un grupo de miembros de la Junta para apartarse de un acuerdo o parte del mismo, con el objeto de exonerarse de sus resultas y fundamentar una eventual actuación judicial. El Corregidor, disconforme con resoluciones de la Junta que lesionaban las prerrogativas de los órganos de la Monarquía, protestaba a menudo los acuerdos de la Junta. La voluntad de la Junta era materializada en los Decretos que redactaban los secretarios y que eran leídos antes de levantar la sesión final. Las actas de Juntas y Regimientos del Señorío se conservan desde 1558. Con objeto de custodiarlas se crea a finales del s. XVI el empleo de archivero.
e) Actividad electoral.
Regimiento general y particular. Las mismas razones de gasto e incomodidad que favorecieron la creación por la Junta del Regimiento General, motivaron el que este órgano de gobierno delegara en un órgano de composición más reducida la resolución de determinados asuntos (apertura de cartas reales y de la correspondencia urgente, resolución de los asuntos menores, etc.). Se puede decir que desde la primera reunión el llamado Regimiento Particular, por contraposición al General, tendría la misma complejidad constitutiva de las Juntas y del Regimiento General, y así tendremos el Particular de la Tierra Llana al que asisten el Corregidor, Diputados, Síndicos y Letrados, y el Particular conjunto en el que también toman parte las tres cabezas de tercio de las Villas (Bermeo, Bilbao y Durango), y al que excepcionalmente se invitaba a las Encartaciones y a la Merindad de Durango. La Concordia de 1630 ayudó a superar la confusión de órganos: desaparecidas todas las modalidades de Regimiento General, se simplifica también el Regimiento Particular en una modalidad única, que desde 1645 se denominaría Diputación General..