El río Oria baña el municipio atravesándolo de sur a norte y en dirección transversal. Se trata de uno de los principales ríos de Gipuzkoa, muy vinculado de siempre a la tradicional actividad industrial de la villa y cuyas aguas en varias ocasiones se han desbocado causando importantes inundaciones. Transcurre íntegramente por territorio guipuzcoano, desde su nacimiento en Aizkorri hasta su desembocadura en Orio, con una longitud de 65,9 km. y una superficie de 871 km.² Recoge numerosos afluentes que reafirman la importancia del Oria en la red fluvial guipuzcoana, algunos de ellos en el término municipal de Tolosa. En la margen derecha del río recibe al Araxes, proveniente de Navarra y el Berastegi o Zelai, proveniente del valle homónimo. Los arroyos y afluentes de la margen izquierda son menos caudalosos. La actividad industrial, sobre todo de las papeleras, hizo durante muchos años del Oria un río muy contaminado. En la actualidad la disminución de la actividad industrial y los planes de saneamiento de las instituciones hacen del Oria un río limpio donde se han introducido algunas especies piscícolas con vistas a su repoblación.