Desde el primer viaje de Colón, como ya hemos visto, los vascos aparecen embarcados en la compleja empresa americana de exploración, conquista y colonización. En 1496 regresó Colón a España dejando a su hermano Bartolomé Colón como Adelantado y representante personal en Santo Domingo. Al año de esta partida estalla la rebelión (1497) contra la tiranía de los Colón. Los jefes de esta primera revuelta americana eran el alcalde mayor Francisco Roldán y los vascos Adrián de Muxica, Pedro de Gámiz y Diego de Escobar (J. Galíndez: Los Vascos en la primera colonia del Nuevo Mundo; E. de Gandía: Orígenes de la Democracia Americana). La llegada de Cristóbal Colón (1498) pone fin a esta rebeldía y se firman las paces.
Por este tiempo aparece en escena otro vasco, Hernando de Guevara, primo de Múxica, primer europeo que se casa con una princesa india. Su nombre es Higuemota y es hija de la reina Anacaona, de la tribu de Jaragua. El alcalde Roldán, ahora fiel a los Colón, conmina a Guevara para que repudie a la princesa. El vasco persiste y es encerrado en la fortaleza de Santo Domingo. Su primero Adrián de Múxica se subleva al mando de los suyos e intenta libertar a su familiar, pero Colón reprime con energía esta segunda sublevación y ejecuta a Múxica, lanzándolo desde las almenas de la fortaleza. Pocos días después llega Bobadilla, enviado real, liberta a Guevara y a otros detenidos y envía a Colón a la península encadenado.
En 1503, la princesa Higuemota, doña Ana de Guevara, ya es viuda. Seis años después muere consumida de dolor. El vasco Guevara, según los cronistas de la época, era mozo de buena familia y de galana apariencia. Dejaba una hija, la princesa Mencia, que casó con el gran cacique Guarocuya. Este caudillo indio tendría en jaque a los conquistadores durante casi once años (1522-1533), y les arrancaría el primer tratado de paz americano en defensa de la libertad indígena. La princesa Mencia está enterrada en la derruida iglesia de Boya. Su abuela, la reina Anacaona, había sido ignominiosamente ahorcada en 1503 por el gobernador Ovando, en la plaza de Santo Domingo. Luis de Arriaga, de origen vasco, que había ido a Santo Domingo en el segundo viaje de Colón, en 1493, consiguió de la reina Isabel la Católica una capitulación (1501) para colonizar la isla con 200 colonos casados vizcaínos.
Debía fundar 4 villas de 50 vecinos cada una (Ispizua). Por esta capitulación los vizcaínos tendrían que estar 5 años por lo menos en Santo Domingo. Esta acta sirvió de base para capitulaciones similares. Las cuarenta familias que consiguió Arriaga ni fueron vizcaínas ni cumplieron su cometido; corrieron la suerte de los demás aventureros. Las familias vascas no fueron porque desconfiaban de las franquezas y libertades escritas en la capitulación. En 1504 Diego de Arriaga era regidor de Azúa. En 1510 llegan a la Española varios maestros canteros y oficiales obreros al mando del maestro mayor de Santa María la Mayor de Sevilla, Alonso Rodríguez, para terminar la iglesia de Santo Domingo. Los maestros canteros eran Juan Herrera, de Sevilla y Hortuño de Bretendón, de Bilbao. Entre los obreros son vascos Fortuño de Arteaga y Pedro Matienzo. Iban en la nao Santa María, cuyo patrón era el guipuzcoano Juan Camargo y escribano Domingo de Bidania.
El primero que construyó una casa de piedra fue Frnacisco Garay, que luego fue gobernador de Jamaica, el de las expediciones a la Florida y al Pánuco. La Española era una base de expediciones de toda clase. Por esto pasaron por ella muchos vascos que después aparecen en las empresas continentales. Tenían intereses en esta isla Juan de Lacosa, Lope de Olano, Juan Martínez de Zamudio, Pedro de Arbolancha (1502), etc. Este bilbaíno fue el que dio al rey la noticia del descubrimiento del pacífico por Balboa. Llegó en persona a la corte, con un rico presente en perlas que enviaba Núñez de Balboa. En 1525 envía a controlar sus negocios de la Española, pues residía ya en Sevilla, a Francisco de Arista y Pedro de Bidaguren.
Otros vascos afincados en la isla, en este siglo son: el licenciado Alonso de Zuazo, Diego de Leguizamón, Matías Ortiz de Eibar (1511), Juan de Eibar, María Ortiz de Eibar, Juan de Aréchaga, Pedro de Eibar, Juan Ochoa de Zubicoa, Pedro de Oñate, Clemente López de Ochandiano, Sancho Ortiz de Urrutia y Martín de Arraga. La mayoría de ellos eran comerciantes y apoderados de vascos avecindados en Sevilla. La lista de vascos en Santo Domingo se alarga: Cristóbal de Vergara, Bernardino de Gamarra, Juan Loyno de Vergara, Pedro de Arana, Jorge de Vitoria, Lorenzo Zozo, Juan de Celaya, Martín de Isasaga, Pedro de Marquina, Francisco de Otalora y otros. La obra Vascos en Cuba, de Jon Bilbao aporta datos abundantes sobre este tema.