Dos vascos son los máximos protagonistas de esta terrible aventura que rebasa el ámbito americano y atrae la atención de historiadores, ensayistas, psiquiatras, novelistas, poetas, autores teatrales, etc. Pedro de Ursúa, gobernador de la expedición, es del Baztán, hombre joven y de buen parecer, de unos treinta y cuatro años. Investido de los corespondientes poderes reales por el virrey del Perú, marqués de Cañete. Lope de Aguirre, de Oñate, hombre oscuro, tenaz y mal encarado. Los dos tienen en común su veteranía y práctica en andanzas indianas. El primero había consquistado tierras y fundado ciudades, reducido sublevaciones y huido de ciertas malquerencias. El segundo había participado en entradas, complots, rebeldías y batallas. Con ellos iba una numerosa tropa de aventureros valientes y turbulentos, difíciles de someter a la férrea disciplina que debía reinar en estas expediciones. La partida se efectúa con el embarque de Ursúa el día 28 de septiembre de 1560. El gobernador llevaba consigo a su amante, la bella Inés de Atienza. Y había dejado abandonada a su hija, Juana Bautista de Ursúa, habida con una india.
Lope de Aguirre llegala del Cuzco con su hija Elvira de Aguirre, también mestiza, de dieciséis años. La niña estaba bien protegida por la firmeza de su padre. Aguirre solía decir muchas veces: "y prefiero más estar un rato con mi hija que todo el mundo, porque aunque mestiza la quiero mucho". Ciertos hechos de esta expedición están generados por esta presencia femenina. Iban doce mujeres en la expedición, contando también a Juana Torralba y María de Arriola, aya y doncella de Elvira de Aguirre, respectivamente. De los clérigos de la expedición sólo el P. Henao iba voluntariamente como capellán de Ursúa y conocido de Aguirre por su expedición a Nicaragua con Melchor Verdugo, en tiempos del virrey Blasco Núñez Vela. El P. Portillo, cura de Moyobamba, deslumbrado por las promesas de Ursúa entregó parte de sus ahorros para los gastos de la expedición y luego fue despojado de toda su hacienda y embarcado a la fuerza. Por el mismo procedimiento fue enrolado el alcalde de Santa Cruz, Alonso de Montoya que juró matar a Ursúa en la primera ocasión. Pedro Ramiro, gobernador de Santa Cruz de Saposoa, ayudó mucho a Pedro de Ursúa, señalándole el lugar de Topesana como astillero para la construcción de la flota.
En recompensa a sus servicios le nombró teniente general. Antes de iniciarse el viaje, Ramiro fue asesinado y Ursúa hizo rápida justicia ejecutando a los asesinos, uno de ellos Díaz de Arlés, criado y recomendado del virrey. Los preliminares de la expedición anunciaban el comienzo de una cadena de hechos sangirientos. Entre los varios cronistas uno era vasco, Pedro de Munguía (Monguia), que escribiría su conocida Relación. El gobernador Ursúa fue asesinado el 1.º de enero de 1561 cuando reposaba en su hamaca. Cayó sobre las ollas de la comida cosido a estocadas. Intervienen en este hecho, entre otros, Alonso de Montoya, Lorenzo de Zalduendo, que más adelante se quedará con doña Inés; Martín Pérez de Lizarrona, Diego Torres y el mismo Lope de Aguirre. La jefatura de Ursúa había durado tres meses y unos días. Muerto el gobernador, se hacen nuevos nombramientos: Fernando de Guzmán, general; Lope de Aguirre, maese de campo; capitanes, Lorenzo de Zalduendo y otros.
La información que se levantó sobre la muerte de Ursúa fue firmada el día 2 de enero de 1561. Aguirre dio su primer golpe sicológico agregando a su firma el terrible calificativo de "traidor". La reacción que observaba en unos y otros le sirvió para presumir la futura conducta de los más caracterizados. El día 6 de enero continúo la expedición. Aguirre aparecía rodeado de sus partidarios: Lorenzo de Zalduendo, navarro; Juan de Aguirre, de Oñate; García Navarro y Diego Torres, de Pamplona; Antón Llamoso, Martín Pérez y Joanes de Iturriaga, de Bilbao. El grupo en torno a Aguirre era ya numeroso y bien armado. Sus planes se concretaban en arengas y conversaciones: caer por sorpresa sobre Margarita y Trinidad, apropiarse de los navíos existentes y desembarcar en Nombre de Dios. De allí a Panamá y con la escuadra tomada en este punto, al Perú. Proyectaba arrastrar consigo a los negros libertados y a los pizarristas postergados. El día 23 de marzo de 1561, Lope de Aguirre y los suyos, con el apoyo de Gonzalo Duarte, mayordomo de Guzmán y Zalduendo, capitán deu su guardia, proclaman a "Don Fernando, por la gracia de Dios, príncipe del Perú, Tierra Firme y Chile", con ánimo de coronarlo rey una vez llegados al Perú.
El documento notarial que se levanta, inspirado por Aguirre, se llama, principalmente por los escritores americanos, Acta Primera de la Independencia de América. Por ella se desnaturalizan de su rey Felipe II y reconocen al nuevo prícipe que, una vez conquistado el Perú, los premiará por sus merecimientos, desestimados hasta ahora. Este documento se conserva en el Archivo de Indias. Lleva 186 firmas y a la de Lope de Aguirre le corresponde el número 85. El reinado de Don Fernando dura cinco meses. Ante una supuesta o real conspiración para matar a Aguirre, los sucesos se precipitan. Pronto son eliminados el capitán Zalduendo y su amante, la bella Inés de Atienza. Y al día siguiente; 22 de mayo de 1561, D. Fernando de Guzmán, su mayordomo Duarte y el P. Henao. Tras estos sucesos, Lope de Aguirre queda como general y jefe absoluto de la expedición.
Venciendo terribles obstáculos llega hasta el Atlántico a comienzos del mes de julio. Las dudas levantadas por algunos historiadores y geógrafos sobre este hecho, parecen haber sido aclaradas. El estudio de Emiliano Jos: La expedición de Ursúa al Dorado, la rebelión de Lope de Aguirre y el itinerario de los "Marañones", parece demostrar que Aguirre bajó por el Amazonasy no por el Orinoco. La hazaña por cualquiera de ellos era y es de gran importancia. Por el Orinoco hubiera implicado un descubrimiento geográfico de primer orden, la unión de los dos grandes ríos por el Negro, afluente del Amazonas, y el Casiquiaré, que une las dos cuencas. El día 21 de julio de 1561 toma la isla Margarita. Aquí escribe sus famosas cartas a Felipe II y al Provincial Montesinos. A fines de agosto se dirige a tierra firme y desembarca en Burburata. Tras una penosa marcha a través de la sierra se presenta en Valencia. El 22 de octubre entra en Barquisimeto, también abandonado por sus habitantes. La alarma es general en Venezuela, Panamá, Nueva Granada y Santo Domingo. Ante las fuerzas de represión y los "perdones" de rigor sembrados profusamente, los "marañones" empiezan a desertar. El 27 de octubre, viéndose perdido, mata a su hija Elvira y se entrega. Dos de sus "marañones" lo matan de dos disparos, sin atender a su petición de hablar primero con la autoridad. Su cuerpo fue descuartizado y repartido según uso de la época.