Au début du XIXᵉ siècle, la ville possédait une école élémentaire pour garçons dotée de 4 400 réales annuels et une pour filles avec 1 500 réales. Environ 100 garçons fréquentaient la première. L’instituteur résidait dans la maison voisine du palais royal sur la place d’armes. À la moitié du siècle, une seconde école pour filles fut établie dans le quartier de la Marina, sans aucune dotation. Serapio Múgica décrit l’état de l’enseignement au début du XXᵉ siècle :
« Dans le centre-ville, il y a une école complète mixte, dans un bon bâtiment construit aux frais du philanthrope guipuscoan Pedro de Viteri ; dans le quartier de la Marina, il y a une école maternelle dirigée par une institutrice, et une autre école mixte également dirigée par une institutrice, dans le quartier de Jaizubía. À Gurutze et Gaintxurizketa fonctionnent deux autres écoles mixtes privées » (...). À part trois ordres religieux — les PP. Capucins, les Bétharramistes et les Sacrés-Cœurs — qui instruisent de nombreux élèves et préparent à l’exercice de leur mission sacrée, il y a quatre collèges dirigés par des religieuses : celui des Filles de la Croix, celui des Servantes de Marie, celui des Ursulines de Pau, qui occupent depuis des années le magnifique bâtiment de l’ancien Hôtel Miramar, et celui des Dames de Saint Maur » (...). « Toutes les communautés des couvents et collèges cités, à l’exception des PP. Capucins, sont françaises et installées à Fontarabie à la suite de l’expulsion décrétée dans la nation voisine par Waldeck-Rousseau en juillet 1901. »