A comienzos del siglo XIX poseía una escuela elemental de niños dotada con 4.400 reales anuales y una de niñas con 1.500. A la primera acudían cerca de 100 niños. El maestro residía en la casa frontera al palacio real en la plaza de armas. A mediados del siglo una segunda escuela de niñas se estableció en la Marina, sin dotación alguna. Serapio Múgica describe el estado de la enseñanza a comienzos del siglo XX:
"En el casco de la ciudad hay una escuela completa mixta, en buen edificio construido a expensas del filántropo guipuzcoano Pedro de Viteri; en el barrio de la Marina hay una escuela de párvulos regida por una maestra, y otra escuela mixta regentada por maestra también, en el barrio de Jaizubía. En Gurutze y Gaintxurizketa funcionan otras dos escuelas mixtas, particulares" (...). Aparte de tres órdenes religiosas, los PP. Capuchinos, los betharramistas y los de los Sagrados Corazones, que instruyen a numerosos alumnos y preparan para el desempeño de su misión sagrada, hay cuatro colegios regidos por religiosas: el de las Hijas de la Cruz, el de las Siervas de María, el de las Ursulinas de Pau, que ocupan desde hace años el magnifico edificio del antiguo Hotel Miramar, y el de las Damas de Saint Maur" (...). "Todas las comunidades de los conventos y colegios citados, a excepción de los PP. Capuchinos, son francesas, e instaladas en Fuenterrabía a consecuencia de la expulsión decretada en la nación vecina por Waldeck-Rousseau en julio de 1901."
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