Paroisse principale dédiée à Sainte-Marie et deux paroisses de quartier, archiprêtré d’Irun, diocèse de Saint-Sébastien.
Ermitages de Santo Crucifixo, Sancti Spiritus, Sainte-Marie de Guadalupe, Notre-Dame de la Grâce, de Montserrat, Sainte-Barbara, Saint-Barthélemy, Saint-Philippe et Saint-Jacques, Sainte-Marie-Madeleine, Saint-Jacques et Saint-Telmo.
Couvent des capucins de Saint-François.
L’archiprêtré de Fuenterrabía, ainsi que la dîme de Baztán et Bertizarana, appartenaient, jusqu’au premier quart du XVIIIᵉ siècle, au diocèse de Bayonne. Le 23 juin 1714, Philippe V d’Espagne confirma l’acte d’échange de biens par lequel Bayonne renonçait à ceux déjà cités en échange de ceux détenus par Roncevaux en Basse-Navarre et dans la zone limitrophe. L’archiprêtré, qui comprenait Oiartzun, Errenteria, Lezo, Pasaia, Irun et Hondarribia, passa ensuite au diocèse de Pampelune. Le patronage de la paroisse appartenait à la ville elle-même, représentée par son conseil municipal. Elle était desservie par un vicaire, qui était curé propre et chapelain majeur, et quatre bénéficiaires. La présentation de ces postes, conformément à une ordonnance établie par la ville et confirmée par le Conseil Royal le 26 août 1700, devait être faite par trois citoyens du conseil tirés au sort parmi six autres désignés de la même manière. Le choix devait se porter sur des sujets dignes, compétents et suffisants, fils patrimoniaux de la ville elle-même.
Dans le faubourg de la Marina, une autre paroisse dédiée à Madeleine fut soufflée en 1684 par la poudre fabriquée à proximité. Elle fut ensuite réparée en tant qu’ermitage. Intramuros, il existait également, jusqu’en 1719, un temple dédié à Saint-Michel. Démoli à cette époque, une partie de ses ruines servit de dépôt de poudre jusqu’à leur destruction totale en 1794 par les conventionnels, qui détruisirent également la chapelle royale de la porte de Sainte-Marie.
Le couvent des Capucines, situé sur la route d’Irun et à une distance appropriée pour desservir les deux populations, fut fondé par la ville en 1664 en vertu d’un vœu formulé lors du siège de 1638. Il comptait généralement de 12 à 14 prêtres, 3 ou 4 laïcs et autant de donateurs. Après l’extinction des religieux réguliers, le bâtiment resta sans affectation et en ruines. Il y avait un cimetière depuis 1871, au pied du jardin des Capucins et retiré du chemin.