La represión consecutiva a la efervescencia revolucionaria tal vez no dejó a la CNT vitoriana contra las cuerdas pero sí bastante "tocada", y esto tendrá repercusiones en julio de 1936. Ni los del Frente Popular, ni los del Sindicato Único, ni los escasos mandos militares fieles a la República supieron oponerse a los golpistas. En Pamplona las posibilidades fueron prácticamente nulas.
En el País Vasco, la relación de fuerzas no era la misma que en Cataluña. El partido socialista y la UGT, fuerzas obreras mayoritarias, no habían alentado en octubre de 1934 una revolución como la asturiana, por lo que cuando estalla la guerra civil Bizkaia y Gipuzkoa serán la excepción no revolucionaria dentro del campo republicano. Abordaremos ahora los hechos políticos más sobresalientes del anarquismo durante este periodo haciendo hincapié en aquellos que determinarán, tras la experiencia de la guerra, un cambio radical en la línea de conducta seguida por los cenetistas.
De entrada, cabe destacar el papel decisivo desempeñado por la CNT en San Sebastián, tanto en la contención de los rebeldes en la calle los primeros días, como en la Junta de Defensa del Frente Popular en la que Miguel González Inestal se encargó de "Comunicaciones, información y propaganda". En la junta de Defensa de Bizkaia el también cenetista Pablo Valle se hizo cargo de la Asistencia Social. Las memorias, más o menos noveladas, de algunos protagonistas han exagerado tal vez la importancia de la efímera revolución que Manuel Chiapuso reivindica bajo el nombre de La comuna de San Sebastián. Lo ocurrido allí no tuvo ni por asomo el alcance de otras experiencias revolucionarias surgidas en el territorio republicano, incluso si hemos de reconocer que en la burguesa Donostia los anarquistas hicieron un amago de experimento revolucionario, mientras que en Bilbao no existió nada equivalente.
Otro hecho capital fue la no integración de la CNT y de la FAI en las instancias de poder una vez constituido el Gobierno Vasco. Es esto tanto más incomprensible cuanto que Horacio M. Prieto, destacado militante vasco de la regional del Norte y secretario nacional de la CNT, defendió desde el mes de setiembre la participación anarquista en el gobierno central. Como sabemos, la palabra "gobierno" era de las que más urticaria producían a los confederales. No obstante, tras un periodo de discusión interna y negociaciones, el proceso iniciado por Horacio M. Prieto culminará en noviembre con la presencia de cuatro anarquistas en el gobierno de Largo Caballero. ¿Por qué, entonces, no se dio el mismo fenómeno en el País Vasco?
Al constituirse el Gobierno de Euskadi en octubre de 1936, Aguirre propuso la entrada de la FAI en el mismo pero los representantes anarquistas se opusieron al tiempo que solicitaban la presencia de la CNT Aguirre argumentó que ninguna central sindical participaba en el Gobierno y reiteró la oferta de una cartera ministerial para la FAI Los faístas contactados (Primitivo Rodríguez, Juan Frax), estrictos defensores de la pureza del principio antigubernamental, rechazaron. César M. Lorenzo (véase op. cit. en la bibliografía) proporciona numerosos datos sobre estas gestiones y las efectuadas más tarde en mayo de 1937. Su punto de vista es que hubo cálculo político por parte de Aguirre a fin de prescindir de los anarquistas en su gobierno y, paralelamente, cerrazón de los faístas. Pese a todo, los puentes no se cortaron entre nacionalistas vascos y libertarios. Aguirre recurrió en más de una ocasión a la CNT (en particular a Horacio M. Prieto) para allanar dificultades con el gobierno central.
Por último, en el apartado político debe reseñarse el grave conflicto que, en marzo de 1937, estalló entre la CNT y el gobierno de Aguirre. El enfrentamiento se produjo cuando Telesforo Monzón, el consejero de Interior, decidió clausurar la redacción de CNT del Norte y entregar los locales a los comunistas para que éstos pudieran editar allí Euzkadi Roja. Rebolleda y Chiapuso fueron detenidos, algunos batallones cenetistas (Bakunin, Malatesta, Isaac Puente, Durruti, Sacco y Vanzetti, y Celta eran los seis batallones de filiación libertaria) abandonaron el frente y se disponían a dirigirse a Bilbao pero, felizmente, pudo llegarse a una solución de compromiso. El 31 de marzo, al iniciarse la ofensiva de Mola, la CNT prefirió en aras de la unidad cesar en sus críticas al Gobierno Vasco. Algunos autores, con innegable exageración, han comparado este episodio a los "Sucesos de mayo de 1937" de Barcelona que pusieron de manifiesto la profunda fractura en el campo republicano -guerra civil en la guerra civil - entre comunistas y anarquistas con el Partido Obrero de Unificación Marxista POUM como pretexto.
El problema de la colaboración de los anarquistas con el Gobierno Vasco no se resolvería hasta después de la guerra. El 31 de marzo de 1945 los partidos y organizaciones vascas que habían combatido el fascismo (y continuaban haciéndolo como, por ejemplo, no muy lejos en Gironde los batallones Gernika y Libertad ) se comprometían a seguir la lucha contra Franco y firmaban el Pacto de Bayona. Por la CNT firmaron Cándido Armesto y Félix Liquiniano.
Como consecuencia de este compromiso, la CNT también participaría en el Consejo Consultivo Vasco. Los cenetistas aceptaron, por fin, colaborar sin subordinarse al Gobierno de Aguirre. Con esta referencia que escapa a los límites cronológicos de nuestro estudio cerraremos este capítulo.