El nacimiento del partido socialista obrero español (PSOE) en 1879 y del sindicato UGT en 1888, así como la fundación en 1889 de la Segunda Internacional (marxista), coincidentes con el auge industrial en Bizkaia, frenaron la expansión de los antiautoritarios. Por otra parte, la ola de terrorismo iniciada en Barcelona en 1891 influyó negativamente en el desarrollo del anarcosindicalismo. En 1896, un atentado con bomba en la procesión del Corpus de la ciudad condal va a provocar una terrible represión: cientos de detenidos y las torturas de Monjuïc, el castillo maldito. El tipógrafo conoce lo ocurrido en Londres y decide viajar a España para ejecutar a Cánovas. El joven italiano se aloja en el balneario de Santa Águeda, próximo a Mondragón, donde también veranea el jefe del gobierno; y allí, a la una del mediodía del 8 de agosto de 1897, mientras Cánovas lee tranquilamente la prensa, le dispara tres tiros de revólver. Un balazo en la frente y otros dos en el pecho dejan muerto al político restauracionista.
Al principio se pensó que el atentado era la obra de un desesperado que se oponía a la guerra de Cuba, pero Angiolillo declaró haber querido vengar a los presos de Montjuïc. El anarquista italiano fue trasladado a la prisión de Vergara, condenado a muerte en consejo de guerra y ejecutado en garrote vil a las once de la mañana del 20 de agosto.
El asesinato impactó a la opinión del país. No debe olvidarse que el pueblo atribuía a Cánovas la pérdida de los Fueros. Mitxelena cita los versos que, según se dice, cantó Txirrita:
Il da Canovas, juan da Canovas / pikaro gaizki aziya!...
[Cánovas se ha muerto, Cánovas se ha ido / pícaro malcriado].
En los versos finales, apiadándose de la mujer del ministro, Txirrita compara los tres disparos (iru tirotan utzi zizuten ...) con tres espadas que hienden el corazón de la viuda (p. 129-130, in Koldo Mitxelena entre nosotros, Alberdania 2001).
Escritores como Pío Baroja refieren anécdotas y detalles de este suceso. Se conserva además un valioso testimonio gráfico de la ejecución en el patio de la cárcel de Vergara, gracias a las fotografías tomadas por don José Brunet desde una casa observatorio próxima al lugar.