A partir del año 2002 se llevó a cabo un novedoso proyecto revitalizador del complejo Arantzazu; se rehabilitó el antiguo seminario y se restauró totalmente el santuario, todo ello con una inversión cercana a los 190 millones de euros. La parcial demolición del antiguo seminario permitió la apertura de la explanada de la basílica a la naturaleza y a la aparición de nuevos espacios de esparcimiento y encuentro. Un elemento importante de las actuaciones ejecutadas es el porche semicircular cubierto, de unos tres metros de altura, construido a la entrada de la zona de la basílica, cuya finalidad es separar el santuario con sus espacios y el aparcamiento de coches, sirviendo de vestíbulo al conjunto escultórico apostolado de Jorge de Oteiza. El complejo alberga una oficina de turismo, los servicios públicos y la puerta de acceso a las tres naves situadas debajo de la plaza, y en su parte superior sirve de mirador, zona de descanso y de camino hacia el centro cultural. En las inmediaciones de la nueva plaza peatonal se ha organizado una nueva zona verde y de descanso acondicionada junto a la Casa de ejercicios, con lo que se disfruta de nuevos árboles que suavizan la presencia de este edificio dotando a la plaza de cemento y piedra de un toque más de naturaleza.
El Centro Cultural Bittoriano Gandiaga Topagunea fue inaugurado en junio de 2005, resultando la actuación más espectacular de la reforma; es un edificio diseñado como una secuencia de volúmenes cúbicos que se elevan unos sobre otros, con grandes huecos de luz y pequeñas terrazas desde donde contemplar el bellísimo paisaje de montaña y el santuario. En su interior, se albergan locales con diferentes funciones: pequeños frontones, una zona de cobijo para días lluviosos, un albergue para jóvenes, un salón de congresos, pequeñas salas de reunión, y diversos espacios para exposiciones fijas y móviles. Las salas interiores llevan los nombres de las personalidades y artistas que han dado renombre a Arantzazu como Villasante, Sáenz de Oiza, Oteiza o Chillida. La presencia cada vez mayor de la naturaleza en la secuencia de espacios públicos hasta llegar a la antigua vereda que conecta con la sierra de Aitzgorri es la idea nuclear del conjunto del proyecto de rehabilitación, de forma que la densidad arquitectónica de los alrededores del santuario se diluyera progresivamente. Esta cadena de espacios públicos comienza en las plazas situadas junto a la basílica, continúa en la arboleda horizontal sobre la huella del antiguo seminario, sigue con el parque natural sobre las antiguas huertas del convento y concluye en la ermita del Santo Cristo o Humilladero, embellecida por un entorno de caminos, bancos, zonas de descanso y elementos vegetales.