El Santuario está enclavado en un sitio de impresionante y salvaje belleza. Rodeado de macizos rocosos, flanqueado de profundos barrancos y desfiladeros, recubierto por la vegetación frondosa y tupida que reviste las mismas rocas.
Está a 700 m. de altitud sobre el nivel del mar. Por el sur corta el horizonte la ondulante línea de montes de la sierra de Elguea (llamada también de Aránzazu), en cuyas cumbres se dan la mano las dos provincias de Gipuzkoa y Álava. Por el norte y nordeste se extienden los macizos montañosos del Aloña y Aizkorri con la serie de cumbres intermedias. Entre estas dos sierras (la de Elguea-Aránzazu y la de Aizkorri-Aloña) imagínese el lector una profunda hondonada o barranco intermedio, el cual tampoco está vacío, pues por la parte sur se eleva una caprichosísima crestería caliza recortada en diversos lugares por efecto de la erosión geológica, dando origen a cumbres de pequeña altitud pero que dominan el Santuario: tales son la peña de Aitzabal -llamada también del Diablo-, la de Beillotsa o Uztao (ésta es la que está frente al Santuario, coronada por una cruz que se ilumina en algunas ocasiones solemnes), la de Erbisaskon, y la de Gazteluaitz o Peña del Castillo -porque su forma semeja efectivamente un castillo-. Por lo profundo de la barranca que separa a estas peñas de la falda del Aloña discurre el río Aránzazu que nace a pocos kilómetros en uno de los montes de la sierra de Elguea-Aránzazu, que se llama precisamente Uburu (= principio del agua, o sea, nacedero). Este río, que en trechos es subterráneo, desemboca en el río Deva antes de llegar a Bergara, en el punto denominado San Prudencio.
El Santuario está situado en la falda del Aloña, literalmente colocado al borde del barranco, en un lugar más bien bajo y angosto, dominado completamente por los roquerones antes citados. Una cinta de carretera que va arañando la falda del Aloña, une a Arantzazu con Oñati. La ruta es de un alto valor turístico y emotivo. A la derecha del viajero se ofrecen casi constantemente desfiladeros, barrancos e impresionantes quebradas, junto con la más exuberante vegetación. Arantzazu es también punto de partida de ascensiones montañeras. A unos 4 kms. del Santuario, monte arriba, en dirección este, se halla la idílica meseta de Urbia (1.090 m. de altitud), cuajada de rebaños en verano, estación prehistórica con dólmenes que en 1918 fueron explorados por Aranzadi, Barandiaran y Eguren. Desde Urbia es fácil el acceso al Atxuri, la cumbre más alta de Gipuzkoa (1.551 m.). Para los que no se sienten con arrestos para excursiones tan largas, Arantzazu ofrece el pintoresco valle de Iturrigorri, situado debajo de la Peña del Castillo. La falda del Aloña tiene también múltiples lugares de fácil acceso y de singular amenidad, tales como Lizarra, Belar, Unamendi, Duru y Mailla.
El manto vegetal está constituido principalmente por los bosques de hayas y por los prados, aunque el pino haya sustituido en grandes zonas al haya. Mención especial merece el espino, muy abundante en la región y célebre por haber sido hallada sobre él la imagen de la Virgen y por haber dado su nombre al lugar. Arantza es la designación genérica del espino en vasco. Sobre un espino blanco fue hallada la Virgen por Rodrigo de Balzategui.
A fines de abril conoce Arantzazu el simpático espectáculo del paso de los pastores trashumantes que con sus rebaños de ovejas se dirigen a las praderas de Urbia para pasar allí el verano. En la región sur y suroeste del Santuario existen unos pocos caseríos diseminados que constituyen el barrio de Aránzazu. Son relativamente recientes; muy posteriores al Santuario. El modo de vida de sus pobladores a comienzos del s. XXI, es diverso: la dedicación a la labranza, al pastoreo y a la ganadería es en gran medida compartida con el trabajo en empresas ubicadas en Oñati y pueblos vecinos Mondragón, Bergara, Legazpi.
LVC