Al querer historiar el hecho que dio principio a la celebridad de Arantzazu se hace obligado ceder la palabra al gran historiador mondragonés Esteban de Garibay y Zamalloa, que en su monumental historia de todos los reinos que integraban la monarquía española consagró un capítulo entero al origen de este Santuario. El "Compendio Historial" de Garibay se imprimió en Amberes en 1571. Consta de 40 libros. El capítulo 25 del libro XVII es el dedicado a Arantzazu. Garibay, pues, al historiar el reinado de Enrique IV de Castilla, informa lo que sigue:
"En estos tiempos de tanta calamidad y miseria, la virgen María, madre de Dios y Señora nuestra, tuvo por bien de visitar a la región de Cantabria con una sancta y devota ymagen suya, que por divina providencia apareció en un profundo y inhabitable yermo del término de la villa de Oñate en las faldas de la grande montaña, llamada Aloya, que passó d'esta manera, según tengo relación cierta de un viejo de ciento y siete años, que al tiempo que la sancta ymagen se halló era moço de diez años, y de otros de noventa y más años. En este año de mil y cuatrocientos y sesenta y nueve, uno más o menos, un moço que guardava ganado, llamado Rodrigo de Balçategui, hijo de la casa de Baçategui, de la vezindad de Uribarri, jurisdicción de la dicha villa de Oñate, guardando las cabras de su casa en las faldas de dicha montaña de Aloya, un día Sábado, que es dedicado a la virgen María, descendió por sus vertientes abaxo, guyado por la mano de Dios, a lo que piadosamente se deve creer. Cuya imensa magestad siendo servido que dende en adelante, fuesse en aquel desierto perpetuamente loado y ensalçado su nombre y el de la Reyna de los Angeles, madre suya y protectora nuestra, siendo de los fieles Christianos de diversas partes aquel lugar visitado y reverenciado, permitió que a este moço pastor se le apareciesse en aquel profundo sobre una espina verde, una devota ymagen de la virgen María, de pequeña proporción con la figura de su hijo precioso en los braços, una campana, a manera de grande cencerro al lado. Esto sucedería en tiempo de verano, pues a tal lugar, ageno de pastos de invierno, llevaba su ganado. D'este caso tan impensado se admiró el pastor, y juzgándolo por cosa de Dios, rezó la Ave María y otras oraciones que sabía, y luego con grande reverencia, cubriendo la Sancta ymagen con ramas y otras cosas, que a mano pudo aver, ya que vino la noche, bolvió con el ganado a su casa. Donde referiendo el caso, y siendo despues avisada la villa y regimiento de Oñate, con la justicia concurrió mucha gente d'el clero y pueblo, guiándolos el pastor, y con harto trabajo, llegados al lugar, hallaron la sancta ymagen, puesta en el espino verde. Entonces con grande hervor y devoción, hincándose todos de rodillas, dieron muchos loores y gracias al omnipotente Dios, y a la virgen y madre suya, porque con tan preciosa joya, y en semejante lugar puesta, que no carecía de grande misterio, los avía querido visitar d'el cielo". Uno se siente tentado a pensar si no habrá una buena parte de leyenda en este relato. Se repite tantas veces la consabida historia de Vírgenes aparecidas a pastores en tantos lugares y siempre dentro de una época más o menos determinada, que la cosa tiene visos de ser un cliché convencional. Pero fuerza es confesar que en este caso nos hallamos ante un Rodrigo de Balzátegui que es personaje rigurosamente histórico, de casa y lugar conocido. Aun hoy existe el caserío de Balzátegui en el barrio de Uribarri, que se pasa al ir de Oñate a Arantzazu. Verdad es que según el mismo Garibay, existían también otras versiones de la aparición, según las cuales la imagen fue hallada por una pastora llamada María de Datuxtegui, de la misma vecindad de Uribarri, "y otros refieren otras cosas" -dice.
El caserío de Datuxtegui existe también hoy en el mismo barrio de Uribarri. Pero el concienzudo historiador, después de oportunas investigaciones, da como única versión auténtica y verídica la arriba transcrita. Se habrá notado que lo que se llama aparición se reduce al hallazgo de una imagen por un pastor en circunstancias ciertamente misteriosas. En puridad, la cosa debió de ser así: un día de sábado se fue Rodrigo en busca de las cabras de su padre -los documentos antiguos hablan de cabras, no de ovejas-, y en los breñales donde más tarde se edificaría el convento, sobre un espino, halló la imagen de la Virgen con una campana, a modo de cencerro grande, al lado.
Esta imagen hallada por Rodrigo es la misma que actualmente se venera y se ha venerado siempre en el Santuario, salvándola de todos los incendios, exclaustraciones y demás vicisitudes que la casa ha padecido en el transcurso de los siglos. ¿Quién colocó la imagen de la Virgen sobre el espino y qué es lo que pretendía con ello? Vana pregunta, para la que no se halla respuesta. Se ha pensado que la imagen pudiera pertenecer a algún penitente que se hubiera retirado con ella a estas soledades, pero ello no pasa de ser una mera conjetura. El año de la aparición o hallazgo de la imagen nos ha dicho Garibay -y lo repiten todos tras de él- que fue el de 1469, "uno más o menos". Y ¿qué decir del nombre de Arantzazu? ¿Es nombre toponímico, primitivo del lugar, o posterior, y derivado del hecho de la aparición de la Virgen? El hecho de que en Vizcaya exista un pueblo que lleva el mismo nombre favorece a la hipótesis primera. En este caso el lugar se habría llamado Arantzazu aun antes de la aparición y significaría simplemente lugar abundante en espinos. Pero no consta que este lugar se llamara así con anterioridad a la aparición, y Garibay parece suponer que el nombre de nuestra Señora de Aránzazu se originó del hecho de que la Virgen se había manifestado sobre un espino. Aun cuando el Arantzan zu? atribuido al pastor, y que figura en el escudo de Arantzazu, sea de origen evidentemente legendario, no por esto se puede descartar la hipótesis de que el nombre sea efectivamente posterior y relacionado con el hecho de la misteriosa aparición de la Andra Mari.
LVC