En realidad, a pesar de la exclaustración general, Arantzazu no estuvo nunca enteramente abandonado de sus custodios seculares. A título de capellanes del Santuario, y en hábitos de curas, sin formar Comunidad, vivían aquí varios religiosos exclaustrados. En 1845 comenzó la reconstrucción del templo, pobre y humilde, pues las circunstancias no permitían otra cosa, pero para el año siguiente estaba terminado, gracias a las limosnas de los devotos. El 19 de noviembre de 1846 fue devuelta la santa imagen de Oñati al Santuario, después de haber permanecido por doce años en la villa. Entre los capellanes exclaustrados hubo tres que se mostraron particularmente activos y emprendedores: Elías Arregui, Domingo Albéniz y sobre todo el P. José Esteban Epelde. El segundo abrió, en medio de las ruinas de Aránzazu, una preceptoría que muy pronto adquirió fama. En ella se formaron sujetos insignes, tales como el P. Lerchundi, misionero de Marruecos, el P. Arana S. I. y D. Patricio de Orcáiztegui. El P. Esteban Epelde obtuvo en 1878 autorización del Gobierno para fundar una Comunidad en Arantzazu. Para su construcción construyó un nuevo edificio, el mismo que luego serviría para Colegio Seráfico. Otra gran obra que se debe al P. Epelde fue la construcción de la carretera, llevada a cabo por medio de una suscripción pública. Para inaugurar la nueva carretera, el P. Epelde púsose a idear la forma de organizar grandes peregrinaciones en toda la diócesis, las cuales se celebraron en 1881. Fue el mismo Obispo de Vitoria el que las promovió y alentó. Era todo un pasado, el que después de un largo letargo, volvía a revivir. El mismo P. Epelde encargó también al culto y piadoso profesor de la Universidad de Oñate, D. Julián Pastor y Rodríguez, que escribiera una Historia documentada y crítica de la Virgen de Aránzazu. Y, en fin, el P. Epelde fue promotor y alma de las solemnidades de la Coronación canónica de la imagen, celebradas en junio de 1886, y que alcanzaron gran resonancia por todo el país.
En cuanto al patronato de la Virgen de Aránzazu sobre Guipúzcoa, fue ésta una idea que flotaba en el ambiente desde que Vizcaya consiguió que la Virgen de Begoña fuera declarada patrona de aquella provincia (1903). La idea halló apoyo y calor, se recogieron firmas de los Ayuntamientos, el ilustre heraldista mondragonés Juan Carlos de Guerra redactó el escrito de preces en que se razonaba la petición, y fue ésta suscrita por la Diputación y cursada a Roma por el Sr. Obispo de Vitoria. De Roma llegó el rescrito en 1918. Desde esta fecha la festividad de la Virgen de Aránzazu se celebra el 9 de septiembre, y no el 8, como se hacía anteriormente. Hay que advertir que la antigua provincia franciscana de Cantabria -que abarcaba las tres provincias vascongadas y la Montaña, o sea, Santander y parte de la de Burgos-, reconocía como patrona suya a la Virgen de Aránzazu desde 1738, en que fue elegida en el capítulo provincial celebrado ese año en Vitoria.
LVC