A los cuarenta años escasos de la entrada de los Franciscanos Observantes en Arantzazu, el 26 de diciembre de 1553, un violento incendio redujo a pavesas todo el convento. Solamente la iglesia se salvó del fuego. Gracias a una interesante correspondencia conservada por los Padres Jesuitas, tenemos datos originales, de primera mano, sobre este primer incendio, anteriores incluso a la obra de Garibay. Los Jesuitas poseían para esta fecha casa en Oñati y eran profesores en la Universidad de la villa. El santo fundador de la Compañía residía en Roma. Ante la magnitud de la catástrofe ocurrida en Arantzazu, el P. Provincial de los Franciscanos de Cantabria, después de haber conferido el caso con el Ayuntamiento de Oñate y con los Padres de la Compañía, pensó que para estimular los fieles a ayudar a la reconstrucción del siniestrado convento, lo más oportuno era solicitar de Roma un jubileo o indulgencia, y con este fin escribieron a San Ignacio rogándole se interesara cerca del Papa para el logro de dicha indulgencia. El P. R. Galdós publicó en el primer Congreso de Estudios Vascos las cartas que se cruzaron con este motivo. La primera es del Ayuntamiento de Oñati. En ella se pondera el "daño excesivo y grande" que esta quema significa "para todo el bascuence, que allí acudía con mucha devoción". Dada la aspereza del lugar -dice hay gran necesidad de ayuda para que se pueda reedificar. Y teniendo en cuenta que dicha restauración será de gran ayuda "para la salvación de las ánimas destas provincias" pide a S. Ignacio interceda cerca del Papa "para que este santo jubileo que se pretende se conceda a esta casa tan devota". De San Ignacio se conservan dos cartas. En la primera de ellas es donde el Santo confiesa saber por experiencia la devoción de aquel lugar y lo mucho que en él es Dios servido, y añade el dato preciosísimo de haber estado él mismo en Arantzazu y haber velado "en el cuerpo de aquella iglesia de noche" y "haber recibido algún provecho en mi ánima". No parece que se lograra el ansiado jubileo; pero aun sin él fue tal la generosidad y entusiasmo despertado, tan abundantes y copiosas las limosnas, que muy en breve se fabricó un edificio mejor y mayor que el anterior. Reputada, pequeña e insuficiente la primitiva capilla, hacia 1600 se emprendió la construcción de una capilla mayor. En 1621 se celebró solemnemente la traslación de la imagen a esta nueva capilla. Pero al año siguiente, el 14 de julio de 1622, se declaraba un nuevo incendio, tan devastador, que lo arrasó todo en pocas horas. La imagen de la Virgen fue llevada a la ermita del Humilladero y velada allí por dos días. Pero las desgracias de Arantzazu parece que no servían sino para acicate de la fe y generosidad del pueblo fiel. Aun no habían pasado ocho días de la quema, cuando los superiores se resolvieron a edificar la obra. Al cabo se llegó a reconstruirla con más perfección que antes. Por los años en que Gamarra escribía su Historia (1648), el Santuario constaba de dos capillas superpuestas. La imagen se guardaba en la inferior. Los altares tenían preciosas imágenes de Gregorio Hernández y había numerosas lámparas de plata. A doscientos y pico años del segundo incendio tuvo lugar el tercero, el de más terribles consecuencias. Fue el 18 de agosto de 1834, en plena guerra civil. Por orden de Rodil sube a Arantzazu un batallón con orden de quemar el Santuario. Los religiosos son autorizados para sacar la imagen y los objetos preciosos. Todo se ejecuta según lo ordenado. El incendio fue total. Solamente la torre quedó enhiesta sobre las ruinas calcinadas. La imagen de la Virgen fue bajada a Oñati y los religiosos dispersados. El gobierno de Mendizábal dispone la desamortización y exclaustración general de los religiosos. Con esto Arantzazu conoció un largo paréntesis de abandono, soledad y ruinas.
LVC