En 1894 se aprobó en Pamplona el reglamento del Colegio Médico-Farmacéutico Vasco-Navarro, aunque probablemente la idea de constituir dicha asociación surgió en 1891. Pocos años después, en 1898 se promulgó la colegiación obligatoria para el ejercicio de la medicina y la farmacia. Es por lo tanto ésta una fecha clave y un punto de partida común para todos los colegios. Sin embargo, en 1904 se publicó la Instrucción General de Sanidad que establecía que la colegiación era voluntaria y no fue hasta 1917 cuando se volvió a establecer la obligatoriedad de colegiarse.
La finalidad de todos los colegios es la representación y defensa de los profesionales farmacéuticos colegiados, en congruencia con los intereses y necesidades de la sociedad.
Como muestra de ello, se pueden citar los acuerdos y convenios de colaboración firmados con las Administraciones Sanitarias en el Plan de Prevención del SIDA, el Programa de tratamiento con metadona o para la promoción de la utilización adecuada del Medicamento, entre otros. Se organizan actividades informativas y formativas dirigidas a pacientes sobre prevención de enfermedades o utilización de medicamentos.
Entre los servicios ofrecidos a lo largo de su trayectoria, cabe citar la puesta en funcionamiento de los centros de información de medicamentos o los laboratorios colegiales, creados con fines docentes, profesionales, de investigación o de colaboración con los inspectores farmacéuticos.
Como reflejo de la diversificación de la labor de los farmacéuticos, las juntas de Gobierno de los colegios han ido incorporando a lo largo de los años vocalías que se ocupan de áreas como inspectores farmacéuticos municipales, analistas, industria, almacenes/distribución, óptica y acústica, dermofarmacia y cosmética, ortopedia, hospitales, alimentación, oficina de farmacia, docencia e investigación, titulares de oficina de farmacia, adjuntos, sustitutos y regentes, atención primaria u otras actividades.
A nivel autonómico, los Colegios de Álava, Bizkaia y Gipuzkoa constituyen el Consejo de Farmacéuticos del País Vasco, creado en el 2003, y cuya presidencia es rotatoria por un periodo de 2 años. A nivel estatal, todos los colegios forman parte del Consejo General de Colegios Oficiales de Farmacéuticos.