Como antecedentes directos del Colegio actual se pueden considerar tres Cofradías que se constituyeron en los siglos XV y XVI. En 1496 se creó la Cofradía de San Cosme y San Damián de Pamplona por los reyes Juan de Albret y Catalina de Foix, que si bien al principio tenía un carácter religioso, posteriormente se transformó en la organización profesional de los sanitarios de Navarra, que mantenía disputas con el Promedicato establecido por Carlos I y Felipe II. En 1537 se constituyó la Cofradía de San Cosme y San Damián de Tudela, con una trayectoria similar a la de Pamplona. La Cofradía de San Cosme y San Damián de Estella se creó en 1536, con un carácter principalmente gremial, aunque en el siglo XVI desaparece cualquier referencia sobre la misma. En las Cortes de 1726 la Cofradía de Pamplona fue llamada ya Colegio de boticarios. A principios del siglo XIX dejan de existir como instituciones los Colegios de Pamplona y Tudela.
En 1898 se convocaron en Pamplona las primeras elecciones, siendo elegido presidente D. Jacinto Baranguán Castejón. La actividad del colegio comenzó en 1899, todavía en unión con el de médicos. Hasta 1926 no se produjo la separación entre ambos.
En el 2009 había 1314 colegiados (271 hombres y 1043 mujeres), un 33% más que 10 años antes (981). En cuanto al número de farmacias, el mayor incremento se produjo tras la entrada en vigor de la Ley Foral de Atención Farmacéutica del 2000 (modificada por la Ley 20/2008). En el año 2000 había 308 farmacias, que se incrementaron hasta 392 en el 2001 y hasta 501 en el 2002. En el año 2009 había 587 farmacias.
Los actuales Estatutos fueron aprobados mediante Resolución 96/2002, modificada por la Resolución 949/2002 y la Resolución 522/2008.