La distribución de productos farmacéuticos ha sufrido cambios importantes desde el nacimiento de empresas de distribución farmacéutica. Previamente a su instauración como tal, la distribución de drogas quedaba tradicionalmente en manos de comerciantes, drogueros, especieros, etc. que además se dedicaban a vender al público.
Los primeros esfuerzos por crear sociedades farmacéuticas que se encargaran de garantizar el suministro de medicamentos en las mejores condiciones, sin la necesidad de depender de drogueros, se dieron a mediados del siglo XIX.
La primera de las sociedades farmacéuticas de distribución fue Unión Farmacéutica Guipuzcoana (UFG), que se constituyó en 1902, poco después de la creación del Colegio de Farmacéuticos de Gipuzkoa. El objetivo era establecer una droguería que "debería fundarse con capital de los farmacéuticos y que debería surtir a todas las farmacias de Gipuzkoa." También en 1902 se fundó la Unión Farmacéutica de Aragón y Navarra, disuelta al poco tiempo.
En 1957 se fundó la segunda empresa mayorista de productos farmacéuticos en Gipuzkoa, la Cooperativa Farmacéutica Guipuzcoana (GUIFARCO). En 1959 se fundó la Cooperativa Farmacéutica Navarra (NAFARCO).
En Bizkaia, pese a que hubo algún intento previo, el acta de fundación del Centro Farmacéutico Vizcaíno (CFV) se firmó en 1909. De Vizcaya se expandió a otras zonas hasta que en 1950 cambia su nombre por el de Unicefar (Unión de Centros Farmacéuticos). En 1986 se unió al grupo Cofares.
En Álava, en 1946 7 farmacéuticos constituyeron un almacén de distribución "Colegiados Farmacéuticos Alaveses" (COFASA).
En 1949 se fundó la Cooperativa Farmacéutica Vascongada (Vascofar), cuya propiedad y gestión recae exclusivamente en los titulares de oficinas de farmacia ubicadas en Bizkaia y Álava.
Siempre ha habido una estrecha colaboración entre los Colegios y los centros de distribución para el desarrollo de proyectos conjuntos. Como ejemplo de ello, se puede mencionar que UFG, CFV y COFASA cedieran alguno de sus locales para la ubicación temporal de las sedes de los respectivos colegios.
En 2010 además de las mencionadas UFG, GIFARCO, VASCOFAR, NAFARCO o COFARES, operan en el territorio Centro Farmacéutico del Norte (CENFARTE) y Alliance Healthcare, siendo esta última una sociedad de capital no farmacéutico. Los nuevos retos a los que se enfrenta la distribución en el siglo XXI incluyen la reducción de los márgenes en la distribución, la implantación de un sistema de trazabilidad, las ventas directas desde los laboratorios farmacéuticos o la reducción en el número de empresas distribuidoras.