Dentro de la historia vasca, las primeras referencias a remedios vienen dadas por estudios etnológicos y antropológicos. En las sociedades primitivas los remedios curativos estaban vinculados a la magia, superchería y religión. Había rituales frente a procesos sobrenaturales o aideko o para expulsar a los espíritus malignos. Para ganar protección frente al Begizko o mal de ojo se tomaban medidas preventivas como amuletos, kutunak o saquitos portadores de ciertos elementos, o escapularios bendecidos por los ministros del culto oficial.
No es hasta los siglos XVII-XVIII cuando empieza a cambiar la visión que se tiene de la farmacia, con un interés creciente por la botánica y la historia natural. Ello tiene su reflejo en la farmacia vasco/navarra y hay que dar un salto hasta el siglo XVII para encontrar a uno de los más importantes farmacéuticos en nuestra historia. Miguel Martínez de Leache (1615-1673) nació en Sádaba (Zaragoza), aunque pronto se trasladó a Tudela. Destaca su segunda obra, las Controversias pharmacolopales donde se explican las preparaciones y elecciones de Mesue (1650), que fue utilizada un siglo después para el examen de boticarios. En 1652 se publicó el Discurso farmacéutico sobre los cánones de Mesue, y en 1662 el Tratado de las condiciones que ha de tener un boticario para ser docto en su arte. Este último es un libro de deontología en el que se indica la necesidad de saber latín y de estudiar, no ser soberbio ni dado a vanidades mundanas, huir de los juegos de azar, de los convites y evitar beber vino inmoderadamente. Transmite asimismo impresiones sobre el mal uso de los medicamentos, explica que los boticarios no han de entregar medicinas sin receta y no deben sustituir medicamentos sin consejo médico.
En el siglo XVIII, se publicaron varios trabajos de interés farmacéutico. En 1729 se publicó Cartilla Pharmaceutico Chimico Galenica, obra de Pedro de Viñaburu destinada a su uso por los aprendices de boticario. En 1752 se publicó en Madrid la obra del farmacéutico de origen vasco José Zabaleta Disertación botánica del cardamomo y sus especies, y cual sea el que debemos usar en medicina. Años más tarde se publicaron varios trabajos del alavés Xavier de Ariza y Sáez de Langarica relacionados con la botánica. Ejercieron su actividad lejos de su lugar de origen farmacéuticos como Pedro Gregorio Echeandía o Juan José Tafalla Navasqués. El primero realizó el primer estudio sobre las plantas de la zona aragonesa, incluyendo no solo su descripción sino sus usos medicinales y aplicaciones industriales. Juan José Tafalla fue un ilustre naturalista que realizó importante trabajo de campo y herborizaciones en América. En la actualidad, varias especies de plantas llevan su apellido.
En cuanto a la actividad de los boticarios, en el siglo XVIII hubo algunos problemas en relación con las competencias sobre las visitas de boticas. Ejemplo de ello es el incidente entre el visitador de boticas del obispado de Calahorra y el Diputado General de la Provincia de Álava, quien no autorizó en 1791 las visitas del primero por estimar que era competencia suya el nombramiento de visitadores en función de los privilegios de los que gozaba Álava. El Protomedicato se pronunció a favor del visitador. Tras un largo proceso de réplica y contrarréplica, en 1819 el Rey Fernando VII concedió la gracia del nombramiento de visitadores de botica a Álava.
En el siglo XIX se reguló el ejercicio de la profesión. La primera autorización para la apertura de una farmacia (tal y como hoy se entiende) en San Sebastián es de 1864. En 1874 había en Bilbao 9 farmacéuticos para una población de 18500 habitantes. Entre los farmacéuticos nacidos en ese siglo destaca Telesforo Aranzadi (1860-1945). Se formó en farmacia en Madrid, donde se doctoró 1882. En 1889 se doctoró en Ciencias Naturales. Fue un antropólogo, etnólogo y naturalista que se encuentra entre los que más contribuyeron al desarrollo de la antropología vasca.
Aranzadi se encontraba entre los participantes de las tertulias de rebotica de la Farmacia en Bizkaia. Eran tertulias literarias, científicas o políticas. Por la rebotica de Ramiro Pinedo en Bilbao, pasaron además de Aranzadi, el Dr Areilza, Miguel de Unamuno o Pedro Mourlane Michelena, entre otros. También eran muy conocidas las tertulias de la farmacia Aramburu de Plencia o las de Manuel Unceta.
Los principales problemas a principios del siglo XX eran la adaptación a la comercialización de los primeros medicamentos fabricados industrialmente, el intrusismo de los drogueros en la venta de productos farmacéuticos, las farmacias militares, la tarifación de los medicamentos, la colegiación obligatoria, la limitación de las oficinas de farmacia, los horarios de apertura de las farmacias, los acuerdos con los servicios de beneficencia municipales, la farmacia rural, la creación de inspectores farmacéuticos provinciales, la reglamentación de los laboratorios farmacéuticos y la modificación del plan de enseñanza.
Los farmacéuticos prestaban sus servicios de diferente forma. A modo de ejemplo, en Gipuzkoa se clasificaban del siguiente modo: (i) Partido cerrado, donde despachaban gratis las recetas de los médicos titulares, previa una cantidad abonada por el Ayuntamiento, cobrando únicamente la venta del menudeo; (ii) Partido abierto, donde despachan, a cambio de la asignación del Ayuntamiento, las recetas a nombre de los pobres, y con destino a la beneficiencia. Fuera de esto, podía o no ajustarse con los vecinos en la forma que le pareciera conveniente; (iii) Servicio de igualas, donde se ajustaban con las familias para servirles los medicamentos incluidos en el Petitorio por la cantidad anual convenida; (iv) Libres, donde se servían los medicamentos sin más limitación que la tarifa.
La Guerra Civil y la posguerra supusieron un cambio importante en el desarrollo de todo el país. La actividad de los colegios se vio ralentizada o paralizada por la guerra. Por requerimientos de la autoridad, el ejército se hizo con la mayoría de productos farmacéuticos y de cura (especialmente algodón), lo que provocó una escasez que se prolongaría durante años. Los farmacéuticos asumieron la distribución de algunos productos racionados tras la guerra, como aceite de oliva. En aquellos duros años se buscaron nuevos horizontes profesionales, procurando que el papel del farmacéutico fuera algo más que un simple dispensador de medicamentos.
En 1944 entró en vigor el Seguro Obligatorio de Enfermedades y se fijaron las normas de inspección sobre los servicios sanitarios, apareciendo la figura de los Inspectores Farmacéuticos. La prestación de la asistencia farmacéutica se reguló mediante conciertos por los que los farmacéuticos debían dispensar todas las recetas del Seguro. También se estableció el modo en que hace la dispensación, precios, descuentos y liquidación de facturas.
Durante los años 60 y 70, la principal preocupación fueron los márgenes profesionales escalonados. Un cambio importante fue la mecanización de las recetas, cuyo objetivo era explotar los datos recogidos con la informatización del proceso para establecer las políticas farmacéuticas.
En los años de transición política se debatía sobre la trascendencia que podía tener sobre el sector el Estado de las Autonomías. Así, el Estatuto de Autonomía del País Vasco, otorgaba la competencia exclusiva en materia de ordenación farmacéutica. Del mismo modo, la Ley Orgánica de Reintegración y Amejoramiento del Régimen Foral de Navarra establecía que corresponde a Navarra la ejecución de la legislación en materia de establecimientos farmacéuticos.
Para adaptarse a los nuevos tiempos, los esfuerzos se centraron en potenciar el papel del farmacéutico como profesional sanitario al servicio de la sociedad. En los años 90 irrumpió el concepto de atención farmacéutica, que implicaba mayor responsabilidad del farmacéutico en los objetivos terapéuticos de los pacientes.
En la primera década del siglo XXI, entre los problemas a los que se han tenido que enfrentar los farmacéuticos cabe citar el desabastecimiento de algunos medicamentos o las medidas de contención del gasto farmacéutico que se han tomado y que han ido reduciendo paulatinamente el margen farmacéutico.
A partir del 2011 se advierten cambios, no solo a nivel local sino en la farmacia europea en general. La farmacia está expuesta a reformas, vinculadas al impacto de las nuevas tecnologías de la información y a las tendencias demográficas, que van a condicionar el ejercicio profesional. A la farmacia del siglo XXI se le exige mantener una posición dinámica, que le permita adaptarse a las nuevas demandas de la sociedad, actuar como elemento impulsor del uso racional de medicamentos y afrontar los mecanismos de control del gasto farmacéutico que se están implantando.