La primera reunión del Colegio de Farmacéuticos de Álava se celebró en 1898 bajo la presidencia de D. Constante Corti y Viñas. Sus objetivos eran oponerse a la intrusión, estrechar las relaciones de clase entre los farmacéuticos para favorecer la protección de los intereses legítimos y la defensa de los derechos que otorgan las leyes, y tener a la vez el poder para exigir a todos el cumplimiento de sus deberes conforme prescriben los sanos principios del decoro y de la moral profesional.
Durante el primer año se colegiaron todos los farmacéuticos de la provincia (34). Aunque los primeros años el número de colegiados tiende a descender, en 1914 comienza una ascensión continuada hasta los 56 colegiados en 1960. A partir de entonces, el incremento en el número de colegiados es mayor, hasta los 276 en 1999 y 415 en 2009 (96 hombres y 319 mujeres). Entre los motivos de este incremento considerable se citan el crecimiento demográfico, el acceso generalizado de los jóvenes a carreras universitarias y, desde los años 80, el inicio de la actividad de la Facultad de Farmacia. En 2009 había en territorio alavés 106 farmacias, 12 más que 10 años antes (94 en 1999).
Los actuales Estatutos fueron aprobados en 2001 mediante Orden del Consejero de Justicia, Trabajo y Seguridad Social.