Los primeros títulos oficiales de Farmacia en España se instauraron en el siglo XIX. Anteriormente no existía una enseñanza oficial, aunque en el siglo XVI el procedimiento quedaba establecido por los gremios de boticarios, quienes determinaban la estancia del aprendiz con un profesional ya establecido que se comprometía a enseñarle los secretos del oficio.
En la época renacentista se impartían en las Universidades las ciencias médicas, basándose en el Corpus Hippocraticum, con los complementos galénicos correspondientes y textos de los autores árabes más calificados. Había escritos que estaban más cerca de lo que después se llamaría farmacia, que de la medicina. De hecho, ciertas obras indispensables de las Facultades de Medicina eran más interesantes para los boticarios que para los médicos.
La Farmacia fue distinguida en el siglo XVII por Felipe IV como arte científica igual a la Medicina. Sin embargo, a comienzos del siglo XVIII los boticarios únicamente tenían título de maestro, otorgado por el Protomedicato mediante examen. Hasta finales de dicho siglo no apareció lo que puede considerarse el primer plan de estudios.
En 1800 se aprobaron las Ordenanzas de la Real Junta Superior Gubernativa de la Facultad de Farmacia, en las que se contemplaba la exigencia de títulos oficiales para el desempeño de la profesión.A partir de entonces, los boticarios quedaron como un cuerpo a extinguir y eran los Licenciados y Doctores en Farmacia, los que se encargarían de las funciones inherentes a la Farmacia. Para ejercer era necesario el bachiller en Artes y dos cursos teóricos, con lo que se conseguía el grado de bachiller en química. El título de licenciado en Farmacia se obtenía tras dos años de prácticas y un examen. Para obtener el máximo grado académico, doctor en Química, debía recitarse en latín un tema de interés farmacéutico.
En 1804 se dictaron unas nuevas Ordenanzas de Farmacia, que regulaban el título de Bachiller en Farmacia y que constituyen el origen de la Facultad de Farmacia de Madrid. Algo más tarde, en 1815 se crean las Escuelas de Farmacia de Barcelona, Santiago de Compostela y Sevilla. Las enseñanzas se organizan en torno a los Reales Colegios de Farmacia.
En Navarra funcionó el Real Colegio de Medicina, Cirugía y Farmacia, creado por las Cortes de Navarra en 1828. Realizó los primeros exámenes en mayo de 1829. Para superar las pruebas, después de un examen en que debían responder a las preguntas formuladas por los médicos y boticarios, se procedía a la votación y el aprobado juraba "que en el despacho de medicinas de buena calidad se arreglará a las dosis prescritas por los médicos y cirujanos y en cuanto al cobre de ellas, al Arancel, o tarifa establecida por la ley". Para superar el examen debía realizar dos operaciones en el laboratorio. El Real Colegio tuvo una existencia azarosa y dejó de funcionar en 1840.
En 1845 se incluyó Farmacia entre las Facultades mayores de la Universidad, con la incorporación de los Colegios de Madrid y Barcelona como Facultades. Posteriormente se crearían las Facultades de Granada (1850) y Santiago (1857). Había que cursar cinco años de segunda enseñanza elemental, segunda enseñanza de ampliación, en su sección de Ciencias y la Licenciatura en Farmacia que constaba de cuatro cursos.
En 1944 las enseñanzas se ampliaron a 6 años y en 1965 cambiaron de nuevo los planes de estudios, reduciéndose a 5 años. La Ley General de Educación de 1970 introdujo 3 ciclos en la enseñanza universitaria y en desarrollo de la misma en 1973 surgieron nuevos planes de estudio. Como consecuencia del proceso de reforma de la Enseñanza Superior emprendido en 1983, en 1990 se aprobaron las Directrices Generales Propias de los estudios conducentes a la titulación oficial universitaria de Licenciado en Farmacia.
Desde el año 2010, en todas las universidades se ha empezado a impartir la docencia de los nuevos Grados en Farmacia adaptados al Espacio Europeo de Educación Superior, lo que ha implicado una reforma de la estructura y organización de las enseñanzas universitarias así como de la metodología docente universitaria. El marco normativo viene definido inicialmente por la ley de Ordenación Universitaria del 2001, modificada en el 2007.
En el territorio vasco/navarro, no fue posible cursar estudios de Farmacia hasta 1964, en que comenzó su andadura la Facultad de Farmacia de la Universidad de Navarra, con 40 alumnos. Era la quinta facultad de España y la primera que se creaba en el siglo XX. Pero no es hasta finales de los 80 cuando se puede cursar la Licenciatura en Farmacia en una Universidad pública. La Facultad de Farmacia de la Universidad del País Vasco/Euskal Herriko Unibertsitatea se creó en 1988 en el antiguo Colegio Universitario de Álava. En 1994 abandonó el edificio para ocupar el actual junto con el resto de Escuelas y Facultades del Campus alavés.