En el territorio vasco navarro hace más de un siglo que existen laboratorios farmacéuticos destinados al desarrollo de medicamentos y productos farmacéuticos. En la primera mitad del siglo XX se fundaron en Bizkaia empresas como Laboratorios Químico-Farmacéuticos del Doctor Arístegui (1901) y Faes (1923). En 1937 había 14 laboratorios farmacéuticos en Gipuzkoa y 27 en 1948. En Navarra, el laboratorio farmacéutico Cinfa se fundó en 1969.
Desde las décadas de los 80-90, el desarrollo de Parques tecnológicos ha contribuido a la promoción y la innovación tecnológica y empresarial también en el campo farmacéutico. Se han creado nuevas empresas de carácter científico-tecnológico dedicadas al desarrollo de medicamentos o a I+D en ámbitos relacionados con la farmacia y la medicina.
Otro punto de referencia para la investigación farmacéutica es la Universidad. En Navarra, la Facultad de Medicina, Ciencias y Farmacia junto con la Clínica Universidad de Navarra crearon en 2004 el Centro de Investigación Médica Aplicada (CIMA). El CIMA aproxima la investigación básica a la aplicación clínica y colabora con la industria farmacéutica y biotecnológica en el desarrollo de productos para diagnóstico y tratamiento de enfermedades. La UPV/EHU cuenta con grupos de investigación en ciencias de la salud en los 3 Campus. En Álava, además de las actividades realizadas en la Facultad de Farmacia, en 2009 se inauguró en Centro de Investigación y Estudios Avanzados (CIEA) Lucio Lascaray en el que se han instalado servicios de investigación científica y tecnológica, entre los que destacan los vinculados con la Facultad de Farmacia.