En Gipuzkoa, la Junta de Gobierno del Colegio se constituyó en 1898. La primera Junta General se celebró en 1900, contando con 58 colegiados. El primer Presidente fue D. Ramón Usabiaga Legarza. Se establecieron los ingresos mediante cuota de una peseta mensual para cada colegiado.
El número de farmacias establecidas en 1899 era de 64 y ha ido creciendo progresivamente: 74 en 1922, 101 en 1937, 138 en 1960, 181 en 1970, 246 en 1980, 279 en el 2000 y 281 en 2009. En cuanto al número de colegiados, había 67 en 1901, 90 en 1922, 113 en 1937, 173 en 1960, 230 en 1970, 357 en 1980, 735 en el 2000 y 889 en 2009 (180 hombres y 709 mujeres).
Los Estatutos vigentes en 2011 fueron aprobados en 2001 mediante Orden del Consejero de Justicia, Trabajo y Seguridad Social.