Como ejemplo para reflejar la evolución de la actividad farmacéutica hospitalaria, se puede citar la farmacia más antigua de Bizkaia, la del Santo Hospital Civil de los Santos Juanes. Contaba desde el siglo XV con la figura del farmacéutico, a cuyo cuidado estaban los medicamentos para el tratamiento de los enfermos acogidos, pero también a disposición de otros necesitados. En el siglo XVIII se le exigía al farmacéutico residir en el hospital, mantener actualizado el inventario, y llevar un libro-registro. Debía acudir con el médico o cirujano a la visita diaria a los enfermos para tomar nota de las medicinas a suministrar a cada uno. Debía preparar las mismas y rotularlas para saber el enfermo a quien correspondían y la forma de aplicación. En 1908 se trasladó de Achuri a Basurto y en 1912 se fijaron nuevas condiciones para los farmacéuticos de hospital. Seguía obligado a vivir en el centro. Debía ocuparse de que el despacho de medicamentos, gasas y algodones se realizase previa petición de los médicos, debiendo asimismo realizar los análisis de alimentos y bebidas y las desinfecciones y esterilizaciones. Estaba obligado a presentar una relación del material de reposición de la oficina, pedidos, productos elaborados y gastos, así como la memoria anual.
La primera regulación de la farmacia hospitalaria se dio en 1962, con la Ley sobre normas reguladoras de los hospitales, donde se dispuso la posibilidad de establecer servicios de farmacia en hospitales con más de 200 camas. En 1967 se reguló la dispensación de medicamentos en esos establecimientos. Diez años después, una orden que regulaba los servicios farmacéuticos de hospitales, establecía que éstos solo podían administrar los medicamentos destinados a personas acogidas en el establecimiento.
En 1983 se creó el Servicio Vasco de Salud-Osakidetza y en 1988 se produjo la unificación de los servicios sanitarios públicos en el Servicio Vasco de Salud y la universalización de la asistencia sanitaria. El Servicio Navarro de Salud-Osasunbidea se creó en 1990. En 1992 se publicó un decreto para la ordenación de los servicios farmacéuticos de los hospitales vascos y se fijó la necesidad de establecer servicios de farmacia en hospitales con más de 100 camas y depósitos de medicamentos en los que tuvieran menos. El mismo criterio se estableció en Navarra mediante la Ley de Atención Farmacéutica del 2000.
La Sociedad Vasca de Farmacia Hospitalaria se creó en 1990, siendo su primer presidente D. José Miguel Rodríguez Sasiain.
Además de la atención hospitalaria, en 1994 Osakidetza incorporó farmacéuticos a sus equipos de atención primaria y en 1996 se crearon las Comisiones de Farmacia de Comarca Sanitaria de atención primaria, en las que participa un farmacéutico en representación de las farmacias comunitarias de la Comarca. En Navarra, los servicios de farmacia de atención primaria se regularon mediante la Ley del 2000.