Egungo Elkargoaren aitzindari zuzenez hartu daitezke XV. eta XVI. mendean eratutako hiru kofradia. 1496ean Albreteko Joan eta Foixko Katalina errege-ginak Iruñeako San Kosme eta San Damian Kofradia sortu zuten, hasieran erlijio izaeran zuena, geroago Nafarroko osasunbideko langileen erakundea bihurtu zuen, Carlos I eta Felipe II ezarritako Protomedicato epaimahairekin(11) liskarrak izan zituena. Lizarrako San Kosme eta San Damian Kofradia 1536ean sortu zen, gremio izaerarekin batez ere, nahiz eta XVI. mendean berari buruzko erreferentzia oro desagertu zen. 1726ko Gorteetan Iruñeako Kofradia jada botikarien Elkargoa deitua izan zen. XIX. mendearen hasieran Iruñeko eta Tuterako Elkargoak erakunde gisara desagertzen dira.
1898ean Iruñean lehen hauteskundeak egin ziren Jacinto Baranguan Castejon izanik lehen lehendakaria. Elkargoaren jarduera 1899ean hasi zen, oraindik medikuenekin batera. 1926 arte ez zen gauzatu bien arteko banaketa.
2009ean 1314 elkargokide zeuden (271 gizon eta 1043 emakume), 19 urte lehenago baino % 33 gehiago (981). Farmaziei dagokionez gorakada nagusiena Farmazia Arretarako Lege Forala ( 20/2088 Legeak aldatua) indarrean sartu zenean gertatu zen. 2000. urtean 308 farmazia zeuden, goraka egin zutenak 392 izan arte 2001ean eta 501 arte 2002an. 2009. urtean 587 farmazia zeuden.
Egungo estatutuak 96/2002 dekretuen bidez onartu ziren, 949/2002 dekretuan aldatuak eta 522/2008 dekretuaz.