Con la excusa de atacar a Portugal, las tropas francesas de Napoleón I invadieron la península pasando por Euskal Herria. Guipúzcoa fue totalmente ocupada. Como digna de señalar es la aparición del guerrillero Gaspar de Jáuregui, llamado "Artzaia" o el Pastor, quien con su gente, no muy numerosa, mantuvo inquietos a varios generales franceses. El 8 de junio de 1808 las Juntas Generales reunidas en Elgóibar eligen como representante suyo ante las Juntas de Bayona redactoras de una Constitución a D. José M.ª de Lardizabal y Oriar, que el 24 expone ante los congregados las razones por las que deben de conservarse los Fueros. Lardizabal, junto con los restantes representantes vascos, consiguieron que esta primera Constitución española (8 de julio) previera el examen de la cuestión foral en las Cortes siguientes. Aunque este período está muy poco estudiado aún, puede decirse que apenas hay resistencia en el país hasta la derrota de Bailén del 19 de julio, a las dos semanas de la cual se constituye la Junta de Vizcaya que dura poco in situ. El 8 de febrero de 1810 Guipúzcoa entra a formar parte del Gobierno de Vizcaya instituido por Napoleón I junto con Alava y Vizcaya. En los pasillos diplomáticos y los salones de los hermanos Garat se baraja el plan de un estado independiente con la parte superior de la orilla izquierda del Ebro, bajo la protección napoleónica. Mientras, otra Constitución va gestándose, esta vez de mano de los liberales fernandistas. Un emigrado guipuzcoano, Miguel Antonio de Zumalacárregui, se autoerige representante de Guipúzcoa y vota en Cádiz (1812) la Constitución de 1812 en la que se ignora a los fueros. Tal vez la historia de Guipúzcoa hubiera sido distinta de no mediar el declive de la hegemonía francesa en la península. Las tropas napoleónicas en retirada quemarán sus últimos cartuchos después de la batalla de Vitoria de junio de 1813. En lo demás, parece ser que no hubo acciones de importancia menos ciertas escaramuzas en Ataun, Segura, Azcoitia y Azpeitia, Villarreal, Arechavaleta y Vergara. Pero el episodio culminante de la lucha se dio en San Sebastián. Se hallaba la ciudad en 1813 ocupada por los franceses, lo mismo que el castillo, cuando aparecieron las tropas aliadas de Wellington, establecidas en Hernani. Los aliados estaba formados por ingleses, españoles y portugueses. Graham se dispuso al asalto del Urumea. Los aliados penetraron en San Sebastián el 31 de agosto de 1813 cometiendo toda clase de tropelías con sus habitantes que le recibían como liberadores. La ciudad fue saqueada, muchas mujeres de todas edades violadas, y la ciudad incendiada.