Desintegración de Castilla. Al primer momento, la batalla de Atapuerca dejó las cosas más o menos como estaban en los comienzos de la guerra. La muerte del rey García debió de impresionar momentáneamente a su hermano Fernando. No lejos, en Oña, dentro del reino de Pamplona, reposaban los restos de Sancho el Mayor guardando la frontera occidental del reino. El nuevo rey don Sancho el de Peñalén, llamado luego el Noble, por su personalidad y buenas cualidades, tenía entonces solamente quince años de edad. Debía mantener las fronteras heredadas pero la naturaleza de aquella «Castela Vetula» difería mucho de las tierras de habla vasca como la Bureba y los montes de Oca, y, sobre todo, de Bizkaia, Álava, Gipuzkoa y Navarra. Por esos motivos no era muy segura la fidelidad de algunos señores y personajes, sobre todo los de Castilla la Vieja. Tampoco sería muy eficaz la medida tomada por el fallecido monarca asignando los mandos de ciertas tenencias a caballeros pamploneses o de arraigo en el país. Las primeras tierras disgregadas fueron las de Ubierna, Urbel y La Piedra, pero el resto quedó tal como estaba hasta que se diera una nueva sacudida. El rey García había favorecido al monasterio de San Millán extendiendo sus dominios por la zona de Obarenes y Montes de Oca hasta casi tocar Atapuerca y a raíz de esa expansión había adquirido posesiones en las tierras de Mena, Bureba y Arlanzón y otras más lejanas. El año 1057 prosiguió la guerra, lenta, en forma de penetración pacífica y mediante una laboriosa obra de soborno cerca de los condes y señores más cercanos que deberían pesar las probabilidades de éxito de ambas partes. Transmiera, Mena, Bureba occidental y otros señoríos castellanos, limítrofes al reino de León-Castilla, fueron los primeros frutos, encontrando enseguida una mayor resistencia. Fernando, apenas ocupada Oña, afianza su poder haciendo importantes donaciones a las instituciones religiosas de la región. Entre sus acompañantes iban Lope y Galindo Velázquez con señorío en Ayala, Mena y Somorrostro. En 1058 ocupan los leoneses una buena parte de la Bureba llegando ya a tierras de habla vascónica. Es de señalar, como nota relevante, que el señor de Vizcaya, Eneko López, casado con una hija de Fortún Sánchez, el «eitano» de Nájera, permaneció fiel al rey de Pamplona. Otro de los señores fieles a su juramento fue Sancho Fortuñón, que ejercía el señorío en Pancorbo, llave de los montes Obarenes. En 1060 todavía Sancho de Pamplona decía reinar «in Pampilona, Alava, Ypúzcoa et usque Pontcurbo, Castella». Por esas fechas ambos reyes debieron llegar a un acuerdo dejando la frontera como estaba en 1037, antes de que Fernando cediera ciertas tierras a Pamplona. El rey Fernando se titula desde ahora «rey de toda Castilla», ya que la Rioja no era castellana, sino vascónica. En el documento de 1060, p. ej., el rey Sancho Garcés se titula «regnante Santio Garseanes rex in Nagera vel in Pampilona», firmando como testigos los señores de su reino, Lope Fortunionis dominando en Nájera, Eximino Garceiz de Azagra, y Enneko Lopiz conde en Vizcaya».