Fue fundada como villa por Fernando III de Castilla por privilegio dado en Burgos el 28 de septiembre de 1237, concediéndole el fuero de San Sebastián. Sobre la aldea preexistente no hay noticias fehacientes. Aunque la familia Zarauz ostentara el mote heráldico de "Zarauz antes que Zarauz", lo cierto es que las primeras noticias documentales del linaje que se conservan no son anteriores al s. XIV. El contexto del documento fundacional deja ver que fue una confirmación del status jurídico de un concejo anterior.
Tam praesentibus quam futuris notum sit et manifestum, quod ego Ferdinandus Dei gratia rex Castellae et Toleti una cum filiis Alfonso, Federico et Ferdinando, ex assensu et beneplacito reginae Dominae Berengariae genitricis meae facio chartam donationis, concessionis, et confirmationis et stabilitatis vobis concilio de Zarauz praesenti et futuro perpetuo valituram. Dono itaque vobis et concedo pro foro, quod detis michi duos solidos pro qualibet domo annuatim in festo Sancti Martini, et si mactaveritis aliquam ballenam, detis michi unam tiram à capite usque ad caudam, sicut forum est, et in onmibus aliis causis habeatis illum forum quod habet concilitun de Sancto Sebastiano; et haec mea donationis et concessionis pagina rata et stabilis omni tempore perseveret. Si quis vero hanc chartam infringere, seu aliquid diminuere praesumpserit, iram Dei omnipotentis plenarie incurrat; regie parti mille aureos persolvat, et damnum vobis super hoc illatum restituat duplicatum. Facta charta apud Burgos vigessima octava die Septembris, secundo videlicet anno quo ego rex Ferdinandus obsedi Cordubam famosissimam civitatem, et quo initio principatus favente gratia Spiritus Sancti per laborem meum reddita est cultui chritiano; era millessima ducentessima septuagessima quinta. Et ego praenominatus rex Ferdinandus regnans in Castella, et Toleto, Legione, et Galitia, et Corduba famosissima civitate, Valladolitio et Baeza hanc chartam quam fieri jussi et coroboravi.
"Sea sabido y manifiesto tanto a los presentes como a los futuros que yo, Fernando por la Gracia de Dios Rey de Castilla y Toledo, en unión con mis hijos Alfonso, Federico y Fernando, y con el asentimiento y beneplácito de la Reina doña Berenguela mi madre, hago carta de donación, concesión y confirmación al concejo de Zarauz, presente y futuro. Os doy y concedo por fuero que me deis dos sueldos al año por cada casa en las fiestas de San Martín; y si mataseis alguna ballena, me daréis una tira desde la cabeza hasta la cola, según es fuero; y en todas las demás causas tengáis el fuero que tiene el concejo de San Sebastián. Y esta mi carta de donación y concesión persevere válida y estable en todo tiempo. Si alguno, sin embargo, osase infringir o disminuir esta Carta, incurra en la ira de Dios Omnipotente; pague mil coronas de oro a la parte regia y restituya por duplicado el perjuicio a vosotros inferido por ello. Hecha la carta en Burgos. El vigésimo octavo día de septiembre, es decir el segundo año en que yo Rey Fernando ocupé la famosísima ciudad de Córdoba, y con el inicio del reinado favorecido por la Gracia del Espíritu Santo por mi labor fue restituido el culto cristiano; era milésima ducentésima septuagésima quinta. Y yo, el nombrado Rey Fernando, reinando en Castilla y Toledo, Leon, y Galicia y Córdoba la famosísima ciudad, Valladolid y Baeza, corroboro y confirmo de mi propia mano esta carta que mandé hacer".