El nuevo templo románico responde a una necesidad de espacio y de presencia social, puesto que la Zarautz fundada en 1237 tiene nuevas necesidades. Se realiza exteriormente al existente, separan la nueva traza 30 cm de la existente y construyen un templo de mayor calidad, mayor tamaño y mayor altura, mientras siguieron realizando los oficios en el viejo. Sólo se conservan los muros norte y este, realizados en doble forro de sillería de arenisca. Al interior de este Templo III se han podido documentar hasta tres niveles de ocupación superpuestos, conformados por diferentes suelos de lajas de caliza o de sillería arenisca. También se han localizado unas gradas de acceso al presbiterio, y unas estructuras rectangulares a modo de apeos pegantes a la pared del ábside que podrían servir de apoyo para alguna estructura abovedada que cubriera la cabecera. De este momento deberían ser un nicho central que aparece en el subsuelo frente al altar y la mayor parte de los enterramientos en extensión que hallamos en fosa simple o con refuerzo de losetas, pero que son previas a la ordenación del espacio interior del templo en calles. A partir de mediados del s. XV poco antes de la erección de la nueva parroquia, nos encontramos con la apertura de la capilla lateral y la erección de la torre campanario.