L’activité de la Société ne s’est pas déroulée sans difficultés. Outre la guerre de 1739, qui entrava le trafic régulier vers l'Amérique, il dut endurer la rébellion de 1748-1749. Après la reprise de l'activité de la Compagnie deux ans plus tard, en 1752, son siège principal fut transféré à Madrid, laissant une direction secondaire à Saint-Sébastien, dépendante des décisions de la Compagnie. L'organigramme de l'entreprise a changé et, plus important encore, l'assemblée annuelle des actionnaires se tenait à la Villa y Corte et les décisions du conseil d'administration privé, qui se réunissait régulièrement, étaient influencées par ses membres. Étant à l'origine une société dont la majorité des actionnaires résidaient à Guipúzcoa, sa présence était assurée aux assemblées annuelles de la société à Saint-Sébastien. À partir de 1752, l'aide de nombreux actionnaires de Gipuzkoa dut être déléguée à des personnes résidant à Madrid. De son côté, le conseil d'administration privé initial était composé de la direction, tous experts en matière commerciale, en plus du secrétaire et du trésorier. Suite au changement de siège, il restera huit membres, dont certains ne sont pas impliqués dans la gestion directe d'une société commerciale de ces caractéristiques, et qui représentent des intérêts parfois plus étroitement liés au Trésor Royal.